一般公司对员工罚款是不合法的，但因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，应当承担赔偿责任，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。用人单位违法扣除劳动者工资的，由劳动行政部门责令限期支付；逾期不支付的，责令用人单位加付赔偿金。
根据《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
公司罚款可以劳动仲裁。根据相关法律规定，发生劳动争议，不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。因此公司罚款可以劳动仲裁。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
公司罚款申请仲裁时效为一年。但是，在有些情况下，一年的时效期间还不能保护劳动者的合法权益。找法网提醒您，如在有的行业，尤其是建筑业，拖欠工资问题比较突出，工人的劳动报酬很多到年底才结算;还有些劳动者为了维持劳动关系，在劳动关系存续期间对用人一单位拖欠劳动报酬的行为不敢主张权利。如果都适用一年的仲裁期间，不利于保护他们的合法权益。因此劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制。
