存疑不起诉不代表是无罪。一般来说，存疑不起诉，案件在检察院阶段就结束了，而无罪判决是案件公诉到法院，作出的无罪判决，所处的阶段不一样，作出的机关不一样。而且不起诉并不一定意味着无罪，在刑法之相关规定里面不起诉存在三种情况：
1.法定不起诉：存在于下列六种情况：
(1)实施的行为情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的。
(2)犯罪已过追诉时效期限的。
(3)经特赫令免除刑罚的。
(4)依照刑法属于告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的。
(5)被告人死亡的。
(6)其它法律、法令规定免予刑事处罚的。在这种情况下是无罪的，也没有记录。
2.酌定不起诉是说对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这样并不意味着无罪，而只是犯罪情节轻微可以不追究刑事责任。
3.一般来说存疑不起诉就是指没有足够证据证明犯罪成立的。在这种情况下一旦证据充足，检察机关还可以再次起诉，这种无罪是相对且暂时的。
存疑不起诉的后果是检察院作出不起诉的决定后，会公开宣布，不起诉的决定书会被送达至被不起诉人和他的所在单位；并且如果被不起诉人在押的，会立即予以释放。
犯罪嫌疑人因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，不会产生案底；若是因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。找法网提醒，案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度。案底一旦产生，便终身保存，不得消除。
