疫情期间企业擅自复工处理方式是：
1.行政责任：擅自提前复工，企业及其负责人可能被处以警告、罚款、拘留等行政处罚措施；
2.民事责任：如因提前复工导致传染病传播，企业应承担民事侵权赔偿责任；
3.刑事责任：引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役。
延迟复工期间，企业不可以强制职工休蒂薪年休假，此次春节假期延长是国务院因疫情防控特殊情形而临时增加的对全体公民的特殊假期。该假期不能抵扣年假，也无需后续用工作日返还给单位。
根据《企业职工带薪年休假实施办法》第九条规定，用人单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排年休假。因此，年休假主要由企业统筹安排。而目前的情况下，基于政府的延迟复工通知以及员工在家休息的状态，企业安排员工休年休假具有合理性。
找法网提醒，疫情停薪留职需要给员工发放工资，在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障；被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。也就是说，停工仍然还是可以有工资的，如果没有工资，建议与用人单位协商沟通处理。
超过一个工资支付周期的，可以根据职工提供的劳动，按照双方重新约定的标准支付工资，不得低于当地最低工资标准；企业没有安排劳动者工作的，应当按照不低于当地最低工资标准的80%支付生活费，生活费发放至企业复工、复产或者解除、终止劳动关系之日。
