处理建筑工程合同纠纷的方式如下：
当事人可以按照平等互利的原则私下进行和解，和解不成可请第三方加以协商解决；协商不成时可以根据建设工程合同的约定交由指定机构进行仲裁，仍未解决的可以向人民法院提起诉讼。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
找法网提醒您，工程结算纠纷处理流程如下：
1.提交诉状申请立案
债权人可以写一份起诉状然后递交到法院立案厅进行立案。
2.法院发出受理通知
在法院立案之后，人民法院会对债权人发出受理通知。
3.法院组织双方交换证据、被告递交答辩状
债权人和债务人交换双方的证据，债务人就债权人的诉求作出应答。
4.开庭审理、质证、辩论
上述程序进行完之后，双方只需等待开庭，然后参与审判即可。
5.宣布判决结果
有可能是当庭宣判，也可能是择日宣判。
6.判决生效，执行
起诉前进行财产保全，有利于维护权益，有利于执行。
建筑合同违约款赔偿标准可以由当事人自行约定，如当事人可以约定违约金或者定金罚则，如果没有约定的，按照《民法典》第五百八十四条确定的方式进行赔偿，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
