工程审计的流程是如下的：填写审计资料交接清单并进行登记，进行审前调查；制定审计方案，草拟审计通知书并签发；对审计程序、质量、进度进行跟踪检查，核对工程项目；登记工程核定单，留档留存；复核工程审计工作底稿，编写工程结算审核情况报告；编写财务审计工作底稿，审计结案。
建设工程审计时间法律有规定的，单项工程竣工后，承包人应在提交竣工验收报告的同时，向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，发包人应按以下规定时限进行核对(审查)并提出审查意见。
找法网提醒您，工程竣工结算报告金额的审查时间：
500万元以下 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起20天；
500万元-2000万元 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起30天；
2000万元-5000万元 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起45天；
5000万元以上 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起60天；
建设项目竣工总结算在最后一个单项工程竣工结算审查确认后15天内汇总，送发包人后30天内审查完成。
1.加强基建审计的规章制度建设。对相关审计工作的规章制度进行完善，为招投标监管的工作给予制度保障;同时，招投标监管部门之间应该紧密配合，加大联合执法检查的力度和范围，将监管链条尽量延伸到工程建设投标之后的监管，保证基建审计工作能够按照合理化、规范化的道路发展。
2.更新基建审计方法，保证审计质量。基建审计部门要不断更新审计方法和手段以适应形势需要，提高基建审计工作的水平和质量，使审计工作在基建工程中发挥更大的作用。
3.搭建基建审计平台。
