指使部属违反职责罪的处罚如下：
犯本罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑。
情节特别严重，是指调动建制部队，牵涉面较广；因其指派部属外出而影响部队完成重要或紧急任务的，以及由此引发严重事端的等。
找法网提醒您，指使部属违反职责罪的构成要件如下：
1.侵犯的客体，是部队的管理秩序。
2.在客观方面，表现为滥用职权，指使部属进行违反职责的活动，并且造成了严重后果的行为。
3.本罪的主体是处于领导地位的军职人员。
4.主观方面是故意，即行为人明知自己的行为会造成严重的后果，但仍然滥用职权，致使部属进行违反其职责的活动。
指使部属违反职责罪的立案标准：
1.造成死亡一人以上，或者重伤二人以上，或者重伤一人、轻伤三人以上，或者轻伤五人以上的；
2.造成武器装备、军事设施、军用物资或者其他财产损毁，直接经济损失二十万元以上，或者直接经济损失、间接经济损失合计一百万元以上的等。
《军人违反职责罪案件立案标准的规定》第八条
指使部属违反职责罪是指指挥人员滥用职权，指使部属进行违反职责的活动，造成严重后果的行为。
涉嫌下列情形之一的，应予立案：
（一）造成重大任务不能完成或者迟缓完成的；
（二）造成死亡一人以上，或者重伤二人以上，或者重伤一人、轻伤三人以上，或者轻伤五人以上的；
（三）造成武器装备、军事设施、军用物资或者其他财产损毁，直接经济损失二十万元以上，或者直接经济损失、间接经济损失合计一百万元以上的；
（四）造成其他严重后果的。
