公司部门合并意味着：被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素会发生变化，员工可以自由选择去留，如果选择离开，员工可以向公司申请一定的补偿。 如果是事业单位合并，通常情况下都会在合并之初先发布新的组织架构以及单位合并后的人员安置办法，并对新单位中的各岗位职责进行相应的调整。
找法网提醒您，公司合并债权债务应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。当事人订立合同后合并的,由合并后的法人或者其他组织行使合同权利,履行合同义务。当事人订立合同后分立的,除债权人和债务人另有约定的以外,由分立的法人或者其他组织对合同的权利和义务享有连带债权,承担连带债务。
公司合并的注意事项：
1.通知、公告。要求公司在达成合并协议后的30日内必须进行公告或通知债权人。通常情况下，在公司合并谈判过程中，合并双方都会与主要债权人进行协商，并就合并后债权债务的承继与债权人达成协议，取得债权人认可，以确保合并能够顺利进行。
2.债权人可以采取的保全措施。在债权人与合并的公司不能就债务履行达成协议的情况下，债权人两个保全其债权的权利：一是要求债务人清偿债务，二是要求其提供担保。如果公司既拒绝履行债务，也不提供担保，而进行合并的，债权人就可根据民法典的规定，向人民法院提起撤销申请，撤销其合并行为，使合并归于无效。
