合同纠纷法院的处理是根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。调解不成的，进行审理判决。法院审理案件的流程是：宣布开庭；当事人进行陈述；告知证人的权利义务，证人作证，宣读来到庭的证人证言，出示书证、物证和视听资料；宣读鉴定结论，宣读勘验笔录，法庭辩论等。
合同纠纷一般立案后30天开庭。找法网提醒您，根据相关法律规定，人民法院在收到原告起诉状后，应当及时审查是否予以立案，予以立案的，应当在五日内将起诉状副本发送被告，被告应当在收到之日起十五日内提出答辩状。人民法院在开庭三日前通知诉讼参与人参与诉讼。
合同纠纷处理的环节，存在以下几个主要风险：
1.未建立合同纠纷处理的有效机制，纠纷处理不当，导致单位利益受损;
2.未收集充分的对方违约行为的证据，导致单位在纠纷处理过程中处于举证不力的地位;
3.为按照合同约定追究对方的违约责任，可能导致单位应享有的利益受损。
行政事业单位对于发生的合同纠纷，应当明确合同纠纷的处理方式及相关审批权限和处理责任，纠纷处理过程中，未经批准，相关经办人员不能做出实质性的答复或承诺。
