员工年终奖个税的计算公式是，应纳税所得额=年终奖金应纳税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数。
根据《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）文件的规定，纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，由扣缴义务人发放时代扣代缴。
找法网提醒您，年终奖发放方式有三种，主要是以下三种：
1.有保证的奖金
如外企普遍采用的13薪或14薪或更多，只要员工在年底仍然在岗，无论他个人的表现如何，无论公司的业绩如何，全员享受，属于“普惠”，类似于福利性质，表示公司对员工一年来“苦劳”的感谢。这里的发放规则是全员一致的，是公开的，具体数额就与每个人的基本工资水平相关了。
2.浮动的奖金
如根据个人年度绩效评估结果和公司业绩结果，所发放的绩效奖金，这时发放比例和数额的差距就体现出来了。通常情况下发放规则是公开的，如某某级别的目标奖（即个人表现和公司表现均是达到目标时对应的奖金）相当于多少月的基本工资（而且级别越高的人奖金占总收入的比例越高），但对每个人具体的绩效评估结果各个企业的处理方法不一样，有的对全员公开，有的不。
3.红包
通常是由老板决定的，没有固定的规则，可能取决于员工与老板的亲疏、取决于老板对员工的印象、取决于资历，取决于重大贡献等。通常不公开。民企多见。亚商大多采取的是第二种方式浮动的奖金，部分人员还可以得到红包的奖励。
年终奖金算工资的一部分，工资的组成包括计时工资；计件工资；奖金；津贴和补贴；加班加点工资；特殊情况下支付的工资。
《关于工资总额组成的规定》第四条规定，工资总额由下列六个部分组成：
（一）计时工资；
（二）计件工资；
（三）奖金；
（四）津贴和补贴；
（五）加班加点工资；
（六）特殊情况下支付的工资。
