1.侵害的客体不同。破坏交通工具罪侵害的客体是公共交通运输安全；而故意毁坏财物罪的客体是公私财产所有权。
2.犯罪对象不同。破坏交通工具罪破坏的对象必须是正在使用中的火车、汽车、电车、船只、航空器；而故意毁坏财物罪则无此限制。
3.主观故意内容不同。破坏交通工具罪必须具有危害交通运输安全的直接故意或者间接故意；故意毁坏财物罪只能出于毁损、破坏公私财物的直接故意
故意毁坏财物罪的刑事立案标准，《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》作出了规定，即有下列情形之一的，应予立案追诉：
1.造成公私财物损失五千元以上的；
2.毁坏公私财物三次以上的；
3.纠集三人以上公然毁坏公私财物的；
4.其他情节严重的情形。
故意毁坏财物罪的构成要件如下：
1.客体要件。本罪侵犯的客体是公私财物的所有权。找法网提醒，犯罪对象可以是各种形式的公私财物，包括生产资料、动产、不动产等等。
2.客观要件。本罪在客观方面表现为毁灭或者损坏公私财物数额较大或者有其他严重情节的行为。
3.主体要件。本罪的主体是一般主体，凡达到刑事责任年龄且具备刑事责任能力的自然人均能构成本罪。
4.主观要件本罪在主观方面表现为故意。犯罪目的不是非法获取财物而是将财物毁坏。
