房屋契税交给房地产登记部门。
依据《城市房地产管理法》第六十一条：以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。
找法网提醒您，房屋契税分类有：
1.是按成交价格计算。成交价格经双方敲定，形成合同，税务机关以此为据，直接计税。这种定价方式，主要适用于国有土地使用权出让、土地使用权出售、房屋买卖。
2.是根据市场价格计算。土地、房屋价格，绝不是一成不变。
3.是依据土地、房屋交换差价定税。
4.是按照土地收益定价。
商品房房屋契税是按照房屋的实际价格来计算的，计算方法为房屋的成交价格×税率，契税税率为3%到5%。应纳税额计算公式：应纳税额=计税依据×税率。
房屋契税是指房屋所有权发生变更时，就当事人所订契约按房价的一定比例向新业主(产权承受人)征收的一次性税收。它是对房地产产权变动征收的一种专门税种。
1.根据规定，个人购买普通住房，且该住房为家庭唯一住房的，所购普通商品住宅户型面积在90平方米（含90平方米）以下的，契税按照1%执行；
2.户型面积在90平方米到144平方米（含144平方米）的，税率减半征收，即实际税率为2%；所购住宅户型面积在144平方米以上的，契税税率按照4%征收；
3.对个人购买家庭第二套改善性住房，面积为90平方米及以下的，减按1%的税率征收契税；面积为90平方米以上的，减按2%的税率征收契税。
4.购买非普通住房、二套及以上住房，以及商业投资性房产（商铺、办公写字楼、商务公寓等），均按照4%的税率征税。
