棚户区改造房子有房产证。但是涉及很多的问题：
1.短期内不能办理。原因多方面，政府主要是考虑不能确权这么多的房子，冲击房地产市场。
2.缴纳税赋不确定。因为负责棚户区改造的房地产是很吃亏的，房地产先投入资金改造棚户区，处在资金链不健全的时候，是不可能负责老百姓这部分的税款的。因为房地产没有销售业绩啊，没有销售出一套房，但棚户区改造老百姓是要缴纳契税。
3.改造后因此而产生了许多的二套房三套房甚至多套房，政府怎么收这部分房子的税肯定要定高税价，政府也很难定这部分的税赋。
找法网提醒您，棚户区改造主体有：
1.政府主导，政府在整个城中村改造中从立项、拆迁、安置、建设、监督、管理、协调等各个环节都发挥主导作用和重要推动作用的模式。政府在城中村改造中是发起者、组织者、管理者、推动者。在投资上，政府既可直接投资改造，也可借助开发商、民间市场力量投资改造。
2.开发商主导，在改造过程中，政府一般不直接投入资金，而是利用市场之手，通过定原则、定规划、给政策，引入竞争机制，吸引房地产开发商进行城中村改造。
找法网提醒您，棚户区改造房屋房产证办理手续和普通商品房办理流程一样，具体如下：
1.买卖双方进行房产交易后一个月内持房屋买卖合同和其他证件到房地产交易所办理买卖过户登记。去办理登记需要携带身份证、户口本、《商品房销售合同》等证件和资料。
2.买卖双方接到交易所办理过户手续的通知后，应携带身份证、户口本、图章等，在交纳了手续费、契税、印花税后就可以办理过户手续。
3.办理完买卖过户手续后，买方应持房地产交易所发给的房产卖契，在三个月内到房屋所在地的市或区（县）的房屋土地管理局登记申请。
4.经房地产管理部门审查验证后，买方可领取房地产权证。
