办理商品房的土地使用权证流程如下：
1.与市、县人民政府土地管理部门签订土地使用权出让合同；
2.根据合同约定，缴纳全部土地出让金；
3.持有出让合同等材料到不动产登记机构办理土地使用权证。
根据《土地管理法实施条例》第五条第一款的规定，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上人民政府土地行政管理部门提出土地登记申请，由县级以上人民政府登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，中央国家机关使用的国有土地的登记发证，由国务院土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由国务院土地行政管理主管部门会同国务院机关事务管理局等有关部门制定。
商品房土地使用权出让需要注意如下几点：
1.土地使用者应当在签订土地使用权出让合同后六十日内，支付全部土地使用权出让金。找法网提醒，逾期未全部支付的，出让方有权解除合同，并可请求违约赔偿。
2.出让方应当按照合同规定，提供出让的土地使用权。未按合同规定提供土地使用权的，土地使用者有权解除合同，并可请求违约赔偿。
3.土地使用者应当按照土地使用权出让合同的规定和城市规划的要求，开发、利用、经营土地。
土地证土地使用权证又称国有土地使用权证，是指经土地使用者申请，由城市各级人民政府颁发的国有土地使用权的法律凭证。该证主要载明土地使用者名称，土地坐落、用途，土地使用权面积、使用年限和范围。国有土地使用权证号可以去土地辖区土地管理局查询，一般在开发商取得《建设用地规划许可证》后，就会有《国有土地使用证》。
