二类经济适用房和商品房的区别是：
1.房屋性质不同：二类经济适用房是针对低收入者而建造的房屋，由国家安排建造，一般采用行政划拨的方式，具有一定的保障性质;而商品房则是由开发商自行建造，面向所有群体出售，不具备保障性质。
2.交易费用不同：二类经济适用房交易时需按照房屋成交价格的3%缴纳土地出让金，但商品房正常出售即可，不需要交土地出让金。
3.优惠政策不同：二类经济适用房可以享受到我国的很多政策;而商品房基本没有什么优惠政策可以享受。
二类经济适用房的购买流程：
1.居民购买经济适用住房，凭所在单位或有关部门出具的家庭年收入在6万元以下的证明文件、本市城镇居民常住户口卡、居民身份证，到开发建设单位办理购房手续。
2.需要贷款的，由购买人凭登记后的经济适用住房预售(买卖)合同，到建设项目所在地的房屋土地管理部门办理抵押登记手续。
3.买卖双方在房屋交付使用后的30个工作日之内，到建设项目所在地的房屋土地管理部门办理产权过户手续，办理房地权属证件。
二类经济适用房只需缴纳土地出让金、所得收益缴纳、印花税和契税即可。
1.土地出让金：按国家、省已购公有住房和经济适用住房上市出售土地出让金和收益分配管理的有关规定执行;
2.所得收益缴纳（已购经济适用住房出售免缴）：销售价高于当地同期经济适用住房平均单价50%以下的部分，按20%缴纳所得收益，80%归卖方;销售价高于当地同期经济适用住房平均单价50%以上的部分，30%缴纳所得收益，70%归卖方。
3.印花税：0.1%，买卖双方各承担一半;
4.契税：1.5%，由买方缴纳。
