医疗事故司法鉴定机构有民间鉴定机构、行政鉴定机构、司法鉴定机构三大类。民间鉴定机构主要由医学、法律院校设立，也有一些独立的社会鉴定机构。行政鉴定机构主要是指医学会，是《医疗事故处理条例》这一行政法规指定的行政鉴定机构。司法鉴定机构主要是法院依法设立的专门从事司法鉴定的机构。这种划分是以目前从事何种鉴定为主业为标准，民间检定机构及行政鉴定机构也可受法院委托从事司法鉴定。
医疗事故鉴定流程按照如下步骤进行：
1.委托
医鉴办接受两种形式的委托：医患双方当事人共同委托;卫生行政部门交由医学会组织鉴定的委托。
2.受理
医鉴办接到委托书后，进行审核并出具受理通知书，自受理之日起5日内，通知双方当事人提供鉴定所需的材料。
3.组成鉴定组
医鉴办根据事故争议所涉及的学科，确定专家鉴定组的构成和人数，原则上至少为3人以上的单数，主要学科的专家不少于专家鉴定组成员的1/2。
4.组织鉴定
医鉴办在召开鉴定会前1周内通知医、患、鉴定专家三方。找法网提醒，出席鉴定的双方当事人每一方人数不得超过3人。专家组进行讨论，经合议根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论，并制作医疗事故技术鉴定书。
医疗事故共分为四个等级。一级医疗事故是指造成患者死亡、重度残疾的，如植物人状态。二级医疗事故是指造成患者中度残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍的，如双眼球摘除或双眼经客观检查证实无光感。三级医疗事故是自造成患者轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的，如发声及言语困难。四级医疗事故是指造成患者明显人身损害的其他后果的，如拔除健康恒牙等。
