商铺二手房契税的计算公式为：房屋总价×税率。一般的商铺买卖的房屋总价，是依照成交时候合同所列价格作为计算房屋契税的基准。至于适用的税率是多少，根据《中华人民共和国契税法》（自2021年9月1日起实施）第三条可知，契税税率为百分之三至百分之五。
商铺二手房契税的缴纳时间是合同签订的90天内。找法网提醒，如果当事人没有按照一定的规定进行契税的缴纳就会被有关部门惩罚。而且在法律中也规定了纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
商铺二手房契税外还要交的费用根据主体性质有所不同：
1.买家税费
（1）房子评估费：550元/本(每提升一本资格证书按每本十元扣除成本费)。
（2）合同印花税：0.05%。
（3）所有权证合同印花税：五元/本。
2.卖家税费
（1）房地产业交易服务费：3元/平米。
（2）合同印花税：房子产价的0.05%。
（3）土地增值税，可出示上手买房税票的，土地增值税=[转让收入-上手发门票(每一年加计5%)-相关税费]×税率。不可以出示上手买房税票的，土地增值税=(转让收入-转让收入×90%)×30%。
（4）增值税及附加税税率，可出示上手买房税票的，为(转让收入-上手发门票)×5.5%。不可以出示上手税票的，为转让收入×5.5%。税费为差值的5.56%。
（5）土地出让金，商业行为用地，按其网格点基准地价的35%计收；商业服务线路价路段路的商业服务沿街土地，另收线路价的10%。
