申请国家赔偿的程序是：
1.当事人通过书面形式的向赔偿义务机关申请国家赔偿；
2.赔偿义务机关收到申请后，依法作出赔偿决定；
3.当事人凭生效的判决书、复议决定书、赔偿决定书或者调解书，向赔偿义务机关申请支付赔偿金。
请求国家赔偿的时效是两年。赔偿权利人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。找法网提醒您，在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。
法律依据：
《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条
可以申请国家赔偿的情况有：
1.行政赔偿
行政机关及其工作人员在行使行政职权时有《国家赔偿法》第三条规定的侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利；
行政机关及其工作人员在行使行政职权时有《国家赔偿法》第四条规定的侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利；
2.刑事赔偿
行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有《国家赔偿法》第十七条规定的侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利；
行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有《国家赔偿法》第十八条规定的侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利。
