深圳土地增值税税率根据土地上住宅的具体属性有所不同，普通标准住宅按销售收入1%预征，别墅为3%，其他类型房产为2%。找法网提醒您，对同一开发项目或同一分期项目中既建有普通标准住宅又建有非普通标准住宅、其他类型房地产的，如纳税人申请享受免征普通标准住宅的土地增值税优惠政策，应分别计算增值额、增值率以及应缴的土地增值税。
《国家税务总局深圳市税务局土地增值税征管工作规程》第二条规定，土地增值税的主管税务机关是房地产所在地的区税务局（含深汕合作区税务局）。各区税务局负责辖区内房地产开发项目、自建房、存量房等土地增值税具体管理，包括土地增值税项目管理、预征申报、清算受理、清算审核、土地增值税申报、税收优惠管理等工作。各稽查局负责查处我市范围内土地增值税偷、逃、抗等税收违法行为。
深圳土地增值税的清算情形如下：
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
3.直接转让土地使用权的。
找法网提醒您注意，对符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的（起始时间为最后一张预售许可证取得时间）；
3.申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；
4.经主管税务机关日常征管工作中发现问题，认为需要进行土地增值税清算的。
