一般房管部门属于建设系统，当地没有设房管部门的，可以去当地的建设部门，如：建设局，有些地方改为住房和城乡建设局。别墅房产证在哪个部门具体就看您别墅所在的位置在那个地方，每个地方的县市级都有“房管局”关于房产证的办理和一切情况直接去“房管局”办理就可以了。
找法网提醒您，如果房产证没拿到，一方面可能是相关手续没准备齐全，另一方面可能是开发商没有缴清房屋登记费、契税等费用，可以问一下开发商，如果找不到原因，那就直接去房管局大厅，有相关的咨询柜台也能问清楚原因。
办理别墅房产证的材料需要分两种情况看待。
1.自己建造的别墅。别墅也是建筑物，应当办理房屋产权登记，如果是自己建造的别墅，根据《房屋登记办法》第三十条：因合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：
（1）登记申请书;
（2）申请人身份证明;
（3）建设用地使用权证明;
（4）建设工程符合规划的证明;
（5）房屋已竣工的证明;
（6）房屋测绘报告;
（7）其他必要材料。
2.开发商建造的别墅。如果是购买开发商开发建造的别墅，《房屋登记办法》第三十三条：申请房屋所有权转移登记，应当提交下列材料：
（1）登记申请书;
（2）申请人身份证明;
（3）房屋所有权证书或者房地产权证书;
（4）证明房屋所有权发生转移的材料;
（5）其他必要材料。前款第（四）项材料，可以是买卖合同、互换合同、赠与合同、受遗赠证明、继承证明、分割协议、合并协议、人民法院或者仲裁委员会生效的法律文书，或者其他证明房屋所有权发生转移的材料。
计算房产证办理费用有以下两种情况：
1.新房。
（1） 购买一套房，若面积低于90平米，契税按房款的1％征收，超过90平米按房款的1.5％征收，购买二套房契税按房款3％征收；住宅登记费每套80元，非住宅登记费每套550元；公共资金是用于小区管理、小区物业建设的费用，框架结构按照每平米16.8元缴纳，砖混结构按照每平米15.6元缴纳。
（2）居民住宅每套80元，如有共有权证增收工本费10元／本。
（3）其它房产建筑面积500（含500）㎡以下的每宗200元，500～1000㎡的为300元，1000～2000㎡的为500元，2000～5000㎡的为800元，5000㎡以上的为1000元；如共有权证增收工本费10元／本。
（4）印花税：印花税：分为“产权转移书据”印花税和“权利、许可证照”印花税。“产权转移书据”税目税率为万分之五，计税依据为书据中所载的金额，买卖双方均要交纳：“权利、许可证照”税目适用5元／件的定额税率，买方交纳。
（5）契税：由购房人交纳。
2.二手房
办理二手房房产证买卖双方需缴纳的费用有交易费、登记费，买方还需缴纳契税，卖方需缴纳营业税及附加和个人所得税。交易费每平米6元钱，登记费每套80元；购买一套房，若面积低于90平米，契税按房款的1％征收，超过90平米按房款的1。5％征收，购买二套房契税按房款3％征收；营业税及附加和个人所得税视房屋面积和房产证办出时间是否超过5年而定。
