由于我国企业“走出去”的时间较晚，在解决企业境外所得双重征税方面，与发达国家相比，我国现行的企业境外所得税收抵免制度很不成熟，在税制设计上还存在一些问题，这主要表现在：
（一）分国限额抵免不利于企业“走出去”
我国现行企业境外所得税收抵免制度采用分国限额法，在一定程度上兼顾了居住国政府和纳税人双方的经济利益。但是，这种方法过于麻烦，不利于企业把境外所得统一计算，与国际上实行综合抵免法的方向相违背。在“分国不分项”限额抵免法下，纳税人在税率高于我国税率的国家取得的所得已纳税收只能按我国税率抵免，而在税率低于我国税率的国家取得的所得要按税率差补税。这样，跨国企业实际税负始终高于境内纳税企业。另外，对在境外多个国家进行投资的企业来说，工作量非常大，企业的遵从成本很高。
（二）对境内、境外所得进行成本费用分摊的规定操作性差
现行境外所得税收抵免制度规定：在计算境外应纳税所得额时，企业为取得境内、外所得而在境内、境外发生的共同支出，与取得境外应税所得有关的、合理的部分，应在境内、境外分国（地区）别应税所得之间，按照合理比例进行分摊后扣除，同时也规定了对应调整扣除和共同支出分摊等规则。从目前实施情况看，这种一味强调境外所得依我国税法规定作相应调整，并在细节上对境外分支机构的“合理支出范围”、“总部管理费分摊”以及“共同支出范围及分摊”的具体规定，无论对于纳税人的遵从，还是对于税务机关的执行，都存在操作性差的问题。
（三）亏损弥补的限制抑制了企业境外投资动力
财税[2009]125号第三条第五款规定：在汇总计算境外应纳税所得额时，企业在境外同一国家（地区）设立不具有独立纳税地位的分支机构，按照《企业所得税法》及实施条例的有关规定计算的亏损，不得抵减其境内或他国（地区）的应纳税所得额，但可以用同一国家（地区）其他项目或以后年度的所得按规定弥补。这种限制会导致对境外投资企业在某一纳税期间内全球所得的过高估算，不利于“走出去”企业全球统一核算，导致纳税人因盈利和亏损发生地点的不同而承担不同的纳税义务。这种因政策规定境内、境外不对等造成的税收环境不公平，将会对境外投资行为产生抑制作用。
（四）返程投资居民企业国内税收无法抵免
返程投资居民企业是指我国境内母公司在境外投资、设立直接或间接控制的境外企业，这些境外企业再回国在境内开展直接投资活动设立的居民企业。根据《企业所得税法实施条例》第七十七条，《企业所得税法》第二十三条所称已在境外缴纳的所得税税额，是指企业来源于中国境外的所得依照中国境外税收法律以及相关规定应当缴纳并已经实际缴纳的企业所得税性质的税款。而在实际工作中，返程投资居民企业在我国境内缴纳了企业所得税，税后利润分配后，境外企业分得的股息是含税的;境外企业如果再进行利润分配，分给境内母公司的再分配股息包含已在境内缴纳的企业所得税，但这些企业所得税因为是依照中国境内税收法律，而不是中国境外税收法律缴纳的税款，因而不能给予税收抵免。这属于法律法规规定的失误问题。
（五）允许间接抵免的企业层级过少
财税[2009]125号将适用间接抵免的境外所得确定为向下三层控股公司。按照此规定，对于处在第四层、第五层控股模式的外国公司，其在境外缴纳的税款就不能被纳入间接抵免的范畴。虽然国税发[2009]82号的出台部分解决了返程投资的纳税人身份界定和重复课税问题，但是在实际经济运行中，我国居民企业的境外投资组织架构却复杂得多。据了解，很多我国境外投资的控股企业层级多达五层以上。因制度问题，这些企业的税收抵免是不彻底的。
（六）对税收饶让的限制加重了“走出去”企业的税收负担
原《境外所得计征所得税暂行办法（修订）》（财税字[1997]116号）规定：对外经济合作企业承揽中国政府援外项目、当地国家（地区）的政府项目、世界银行等世界性经济组织的援建项目和中国政府驻外使、领馆项目，获当地国家（地区）政府减免所得税的，可由纳税人提供有关证明，经税务机关审核后，视同已缴所得税进行抵免（即“饶让”原则）。上述政策对促进我国企业承揽境外政府项目发挥了巨大作用。但财税[2009]125号取消了境外政府项目当地免税在中国国内纳税时可抵免的规定，抵免范围仅限为根据税收协定不应征收等几种情况。我国对外工程承包市场主要在非洲、西亚等地区，这些地区的国家与我国签订税收协定的较少。即使在全球范围而言，我国已经签订的多数税收协定也没有规定税收饶让制度。因此，在现行制度下，中国企业承包境外政府项目时，当地免缴的企业所得税回国后必须补缴，减弱了对外承包工程企业“走出去”的支持力度，与目前总体鼓励的政策和思路不符。
（七）超限额抵免结转限制造成税收抵免不足
由于我国对境外税收抵免限额按照分国不分项方法计算，对纳税人来自境外的所得按国别单独计算抵免限额并且分国别进行抵免，因此，不能以一国的抵免限额余额去抵补另一国的超限额部分。《企业所得税法》规定：超限额部分可以用同一国家以后产生的抵免限额余额进行抵补，结转期为5年。但在三种情况下企业自该国取得所得的超抵免限额部分无法实现真正的抵免:一是居民企业境内经营亏损时，企业取得的境外盈利首先弥补当期境内亏损，这样造成了境外应税所得的减少，从而也减少了抵免限额;二是如果企业境外投资经营发生亏损，当年没有用来结转以往年度发生的超抵免限额部分;三是来源国实际税负较长时间内高于我国，而我国居民企业在该国未来若干年度内始终处于盈利。
企业所得税分月或者分季预缴。企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
法律依据：《中华人民共和国企业所得税法》第五十四条 企业所得税分月或者分季预缴。
企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。
企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
企业在报送企业所得税纳税申报表时，应当按照规定附送财务会计报告和其他有关资料。
企业所得税的征收范围是纳税人来源于中国境内、境外的生产、经营所得和其他所得。其中的生产、经营所得，是指从事物质生产、交通运输、商品流通、劳务服务以及经国务院财政部门确认的其他营利事业取得的所得。其他所得是指股息、利息、租金，转让各类资产、特许权使用费以及营业外收益等所得。
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