至于超过诉讼时效的债权是否可以抵消，我国现无明文规定。但依现行法律及法理，我们试作如下探讨：我国诉讼时效的通说理论认为，诉讼时效的客体是请求权，在债法中，即为债的请求权。我国民法通则规定，民事权利在诉讼时效期间届满后“人民法院不予保护”，权利人即丧失依诉讼程序强制义务人履行义务的权利。但权利人并未完全丧失其实体权利，只是这种实体权利变成了自然债权而已。根据债的理论，债权本身应当包含请求权、受领权、抵消权。对于受领权，我国司法实践都是普遍认可的。
1997年最高人民法院在《关于超过诉讼时效期间当事人达成的还款协议是否应当受法律保护问题的批复》中规定：“对超过诉讼时效期间，当事人双方就原债务达成还款协议的，应当依法予以保护。”这一观点，在相关司法解释中明确的规定：“过了诉讼时效期间，义务人履行义务后，又以超过时效为由翻悔的，不予支持。”最高人民法院的这两个司法解释说明，债权本身并不因诉讼时效而消灭，实体权利中的受领权仍然存在。
司法解释虽然没有对超过诉讼时效的债权是否可以行使抵消权作出明确的规定，但抵消权作为债权的另一权能，自然应当与受领权一样，并不因时效而消失。往大了说，这也和民法的基本原则即诚信原则相符。既然法律没有明文规定这种情况下不允许抵消，虽然自然债权不受法律强制力的支持，但同样也应当予以保护。
对于超过诉讼时效期间，向借款人发出催收到期贷款通知单，债务人在该通知单上签字或者盖章的，应当视为对原债务的重新确认，该债权债务关系应受到法律保护。该条解释有利于保护债权人利益，但对于债务人的范围可能会出现争议，该规定中的债务人应当包括债务人本人、法定代表人、代理人等。
对超过诉讼时效期间，当事人就原债务达成还款协议的，应当依法予以保护。但是这条解释没有说明债权重新获得保护的理由。双方当事人在超过诉讼时效后达成还款协议的，视为对此笔债务的重新确认，债务人的还款意思表示可以导致诉讼时效的重新计算。
过诉讼时效的债权，消灭的仅仅是债权的强制执行力，并没有丧失受领力和保持力。超过诉讼时效后如果债务人自愿履行债务，债权人便可接受债务人的清偿而使债权得到满足；债务人在清偿债务后，不得以债权已过诉讼时效为由，要求债权人返还财产。但是，当债务人偿还部分债务后又停止履行债务，债权人能否要求债务人履行未完成的部分债务？应将债务人的履行视为诉讼时效重新计算的事由，债务人履行部分债务意味着债务人对此笔债务的认可，债权人有权请求法院强制债务人履行债务，而不论债务人是否意识到债权是否已过诉讼时效。
超过诉讼时效丧失的是实体胜诉权，程序上还是可以起诉的。法院受理，但是对方可以以超过诉讼时效为抗辩理由，法院会判原告败诉。但是对方如果不提出超过诉讼时效这个抗辩理由的话，法院也不会主动审查，一切程序也都会照常进行。由于即使超过诉讼时效，但是这个债权确实是存在的，很多情况下，债务人为自己的信誉，也都会选择不提出审查超过诉讼时效的请求。
基于上述分析，直接否定超过诉讼时效的债权存在不合理性，那么是否可以直接认可超时效债权的效力?笔者认为，基于民诉法中丧失“胜诉权”的时效规定，诉讼时效仍是审查债权是否具有法律效力的一项标准，而且根据破产法管理人也享有确认破产财产、审核债权的权利。因此不应在破产法相关规定中直接省略审查超过诉讼时效债权这一过程，而是应该细化审核超过诉讼时效债权的过程，将对超过诉讼时效债权的认定标准调整到更加合理的程度。
（一）超过诉讼时效债权之债权人的主观状态
我国民诉法中关于诉讼时效的规定要求债权人客观上具有实现债权的意思表示，也就是说债权人应当曾对债权进行积极主张，在积极主张过程中知晓债务人经营状况，致使债权不能实现。尽管笔者认为对权利的主张不构成债权形成的条件，但为与我国诉讼时效规定保持一致，同时由于债务人在破产程序中权利受限，应当将债权人的主观条件在破产债权审查时予以考虑。超过诉讼时效债权的债权人主观方面，与破产法所规定的可撤销债权债权人的主观方面是不一致的，后者是为了避免债权人、债务人恶意转让破产财产，是对主观故意的审查;前者则是对债权人主观是否具有放任债权实现的考察，不存在主观恶意，对破产财产的负面影响要远小于后者。因此，对于超过诉讼时效的债权审核条件和程度应当低于对可撤销债权的审核。具体而言，应当考量以下情节：破产债权人是否曾在债权形成后积极主张己方债权，破产债务人经营是否长时间困难，债务人的经营状况是否对债权人的求偿产生较大影响，债权人是否知晓债权难以实现，债权人暂停追讨债权的原因等等。
（二）债权人整体利益
在现代社会，利益结构已经成为社会的深层结构，利益分析也已经成为司法的重要方法，司法者必须弄清立法者通过某一特定的法律规则所要保护的利益，并找出优先的利益，从而使各种利益得到合理的平衡。在破产程序中同样如此，债权人的整体利益是破产程序中应当关注的重点之一。对于超过诉讼时效的债权认定问题，由于破产程序中债务人对破产财产无实质控制力，破产财产最终将在所有债权人之间进行分配，因此从其他债权人公平性角度考量，应当考虑其他债权人的利益。同时，由于债务人企业经营困难、长期处于停滞状态的情况不一定存在于所有破产案件中，也不一定一个破产企业的所有债权人均存在债权超过诉讼时效，因此应当考察未超过诉讼时效债权占所有债权比例并全面听取债权人意见尤其是该部分未超时效债权债权人的意见。如若破产企业经营困难时间较短，超过诉讼时效债权的债权人通过及时主张完全可以避免在破产程序中分割财产的，且其他债权发生时间大多在诉讼时效内，那么对于该超诉讼时效债权的合理性应当存有怀疑。
3、应在破产清算程序中单独认定超过诉讼时效债权
在破产清算案件中有破产管理人提出，对于超过诉讼时效的债权，债务人可以通过破产和解程序，与所有债权人就财产如何分配达成一致意见。债务人在和解过程中所作出的自认，只要全体债权人同意就可以履行。此方法可以规避法律不认可超时效债权的规定与该破产债权存在的合理性之间的矛盾。
小编对上述意见难以认同。破产和解与在破产清算中认可超诉讼时效债权两者之间存在一定差异。破产和解制度着眼于依法对进入破产程序的企业的债务清偿进行法律调整，通过暂缓被申请企业的破产进程而更充分保护债权人的债权利益。与破产清算终结的区别在于，和解制度是通过债务人与债权人的协商解决债务承担的问题，而破产清算程序是依据法律规定分配债务人的财产。对于超过诉讼时效的债权，原本可以较为简单的方式解决，在和解程序中成为债务人与所有债权人协商的问题，对于单个债权人不公平。在大多数债权均超过诉讼时效的情况下，和解程序可能对这些债权人较为有利，但是如若个别债权超过诉讼时效，则其利益较难予以保证。因此，破产和解程序难以直接替代破产清算终结程序，解决超过诉讼时效的问题。在破产清算程序中单独规定解决诉讼时效问题具有合理性。
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