存疑不起诉的情况下报考单位是有可能会录用的，因为存疑不起诉是检查机关经退回补充侦查后，仍然认为证据不足，而做出的不起诉决定。如果将来收集到足够的证据，检查机关仍然保留起诉的权力，但在那之前，根据“无罪推定”原则，当事人应被视为无罪，不会因此导致公考政审不过。但如果将来再度被起诉并判决有罪，会相应被开除公职。
司法实践中，常有一些案件，由于关键证人短期内无法找到，共同犯罪案件其他犯罪嫌疑人在逃等原因，在犯罪嫌疑人拒不供述的情况下，往往很难排除一些合理怀疑，而基于办案期限，为保障人权，只能作出存疑不起诉决定，但这并不是说犯罪嫌疑人客观上没有犯罪，一旦相关证人找到，或者共犯被抓获，案情就会显得清清楚楚。
“有法可依，有法必依，执法必严，违法必究”是我国法制的基本原则。《刑法》第四条也规定：“对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的特权。”控诉犯罪，保护人民，保障国家安全和社会公共安全，维护社会主义社会秩序，是公安、检察机关的基本职责。公安、检察机关作为控诉犯罪的专门机关，理所当然有权力、也有责任在发现新证据，足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，向法院提起公诉。
存疑不起诉，是指人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，经检察委员会讨论决定，作出不起诉决定。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
案底是指犯罪记录，案底只能由人民法院依法判决，但是如果确实构成犯罪的，人民法院判决生效以后，会有案底。因此，存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪，也就是无罪之人，自然没有案底的。
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