不会。依照法律规定，派出所已经立案的仍然会将案件移送检察院审查起诉，然后检察院向法院提起公诉，检察院认为情节轻微的，也可以不起诉。当事人之间达成调解协议或者和解协议，属于从轻处罚情节。对于检察院不起诉的，因是无罪处罚，不会留案底。如果派出所未刑事案件立案，而立的是治安案件，派出所调解后就有可能不移送起诉了，就不会有案底。
诉讼和解与诉讼调解相比较，有以下几点区别：
（一）性质不同。前者是当事人在诉讼中对自己诉讼权利和实体权利的处分；后者则含有人民法院行使审判权的性质。
（二）参加的主体不同。前者只有双方当事人自己参加；后者有人民法院和双方当事人共同参加。
（三）效力不同。当事人在诉讼中和解的，则应由原告申请撤诉，经法院裁定准许后结束诉讼，和解协议不具有执行力；根据法院调解达成协议制作的调解书生效后，诉讼归于终结，有给付内容的调解书具有执行力。
如果是打架等案件，派出所立案后是不能撤销的，但情节轻微的，可以作调解案件处理。双方如果就有关民事赔偿已经达成协议，可以共同到立案的派出所，由派出所制作调解书，然后作调解案件处理。如果涉嫌刑事犯罪的，则民事部分和解后，依法还要追究刑事责任，但酌情可以从轻处罚。
对于因民间纠纷引起的打架斗殴或者损毁他人财物等违反治安管理行为，情节较轻的，公安机关可以调解处理。经公安机关调解，当事人达成协议的，不予处罚。经调解未达成协议或者达成协议后不履行的，公安机关应当依照本法的规定对违反治安管理行为人给予处罚，并告知当事人可以就民事争议依法向人民法院提起民事诉讼。
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