司法鉴定是指在诉讼过程中，对案件中的专门性问题，由司法机关或当事人委托法定鉴定单位，运用专业知识和技术，依照法定程序作出鉴别和判断送一种活动。包括了很多内容，笔迹鉴定，工程质量鉴定、伤残鉴定等等。
法医鉴定只是对人身损害的程度，运用医学的知识，做出的伤情或者残疾程度的鉴定。
如果涉及伤害鉴定，同上需要等到伤愈后才能鉴定。根据伤的位置和程度不同，这个时间大约需要三到六个月。鉴定开始后，很短的时间内就能拿到鉴定结果，比如三五天。
《司法鉴定程序通则》第十五条规定司法鉴定机构对符合受理条件的鉴定委托，应当即时作出受理的决定;不能即时决定受理的，应当在七个工作日内作出是否受理的决定，并通知委托人;对通过信函提出鉴定委托的，应当在十个工作日内作出是否受理的决定，并通知委托人;对疑难、复杂或者特殊鉴定事项的委托，可以与委托人协商确定受理的时间。
第二十六条规定：司法鉴定机构应当在与委托人签订司法鉴定协议书之日起三十个工作日内完成委托事项的鉴定。
鉴定事项涉及复杂、疑难、特殊的技术问题或者检验过程需要较长时间的，经本机构负责人批准，完成鉴定的时间可以延长，延长时间一般不得超过三十个工作日。
司法鉴定机构与委托人对完成鉴定的时限另有约定的，从其约定。
在鉴定过程中补充或者重新提取鉴定材料所需的时间，不计入鉴定时限。
（一）启动程序不同
首先，应当说鉴定是一种“被动”的行为。它是鉴定组织应纠纷双方或纠纷处理部门的要求，对纠纷中的一些专门性问题进行科学的分析、理性的判断，最后得出结论性意见的行为。因此，任何鉴定都存在鉴定启动的问题，即谁有权委托鉴定组织进行鉴定。根据《医疗事故处理条例》的规定，医学鉴定由卫生行政部门委托或医患双方当事人共同委托两种启动方式。前者属于行政鉴定，解决的是行政处理医疗纠纷中的专门性问题，即是否属于医疗事故的问题和赔偿调解问题。后者属于自行委托的鉴定，其作用在于给双方当事人一个“判定的标准”。
司法鉴定是独立于自行委托鉴定和行政鉴定之外的一种鉴定。目前根据我国法律和相关司法解释的规定，司法鉴定的启动一般是由双方当事人申请或法律服务机构申请，委托社会上依法设立的司法鉴定机构进行鉴定。司法机关对案件中的专门性问题认为需要鉴定的，也可以指令或直接委托专门司法鉴定机构进行鉴定。
因此，从比较医疗鉴定与司法鉴定的启动程序可以看出，二者的启动程序是不同的。由于司法处理是目前法制国家认同的所有纠纷最终救济途径，司法处理具有绝对的权威性。加之司法鉴定在启动之前，双方的医疗纠纷已经起诉至法院，法官对于案件的全部情况有比较清楚的认识和了解，对于案件中存在的疑难问题、专业技术问题以及法律问题都有比较全面的认识，显然法官委托鉴定可能有更强的针对性，提供的材料更加客观、真实、全面。因此，从鉴定程序的启动上看，司法鉴定优于医疗鉴定。
（二）鉴定人员的组成不同
根据《医疗事故处理条例》的规定，省、市两级医学会分别组建辖区范围内的医学专家库，由双方当事人从专家库中抽签选择医学专家参加医学鉴定，鉴定人员是都具有高级技术职称的医学专家。
而司法鉴定是由司法鉴定机构组织两名以上具备司法鉴定人资格的法医学专家主持鉴定，同时可特邀或聘请临床医学专家参加鉴定。
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