政府指导的企业拆迁也称为企业政策性搬迁，根据《企业政策性搬迁所得税管理办法》(国家税务总局公告2012年第40号)规定，符合政策性搬迁企业的搬迁收入扣除搬迁支出后的余额为企业的搬迁所得，这里“搬迁支出”指重置固定资产和技术改造及搬迁损失费用，不包括安置职工的费用，这与财政部和国家税务总局财税〔2007〕61号文规定的搬迁收入准予扣除安置职工费用，略有不同。企业应在搬迁完成年度将搬迁所得计入当年度企业应纳税所得额计算纳税。
搬迁完成年度是企业纳税义务发生的时间。上述40号文规定了认定搬迁年度的标准是从搬迁开始5年内(包括搬迁当年度)，也就是说从搬迁开始5年内，搬迁补偿款扣除搬迁费用支出和资产处置支出等，结余的款项要交纳企业所得税。
企业涉及到的税种很多，拆迁补偿款怎么缴税，不同税种不同规定。首先是营业税，这个是不用交的。其次是土地增值税，根据《土地增值税暂行条例》第八条规定：因国家建设需要依法征用、收回的房地产，免征土地增值税。所以，这一项也是不需要交的。再次是印花税，由于印花税属于列举征收，而“搬迁补偿协议”不在列举范围内，此搬迁补偿收入也可以暂不缴纳印花税。最后是企业所得税，根据《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》中的精神，企业所得税以收支余额征收企业所得税，具体有四种处理方法，您可以查找相应文件详细了解。
企业拆迁固定资产补偿费用包括：无法搬迁的土地、房屋、厂房、办公楼等建筑物和地上附着物，以及确因搬迁而发生损失的机器设备而生的补偿等;
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