（一）坚持确保稳定的原则。不允许借确权登记推翻原有承包关系，重新调整或收回农民的承包地。在第二轮土地承包中没有明确承包关系的，如开荒地、自留地、园地等非承包耕地，原则上暂不列入此次确权范围。
（二）坚持实事求是的原则。对第二轮延包以来，农户之间承包地互换、转让的要及时变更，对农户承包地实际面积与账证不符的要结合当地实际，依据有关法律政策计入账证。如因建房、修路、国家征用、自然灾害、水库淹没等原因而减少的承包耕地，减少部分不纳入确权登记颁证范围，只登记现有承包耕地。以一人一权、不重复重叠为原则，一个村民不能同时在两个或两个以上承包户作为经营权共有人。切实维护妇女的土地承包权益。
（三）坚持尊重历史的原则。对于第二轮承包时出现的等级高的土地以少顶多，等级低的土地以多顶少，造成的实际面积与账证面积不符的，以实测面积登记颁证。对于侵占蚕食用于耕种的林地，不能作为耕地进行登记。依法属于水利工程管理范围内的耕地、林地及河道内滩地不列入确权登记范围。
（四）坚持民主协商的原则。清查、确权、登记的每一个环节遇到困难和问题都应该实行民主协商，坚决杜绝发包方独家操作。
（五）坚持因地制宜原则。根据试点地方的土地承包实际，缺什么补什么，完善确权登记颁证工作，妥善解决遗留问题。
农村土地承包经营权确权登记，是指登记机构依法将农村土地承包经营权归属和其他法定事项记载于农村土地承包经营权登记簿的行为。
第一步：准备前期资料。收集整理承包合同、土地承包台帐、登记簿、农户信息等资料，形成农户承包地登记基本信息表；制作用于调查和实测的基础工作底图。
第二步：入户权属调查。根据基础工作底图和农户承包地登记基本信息表，入户实地进行承包地块权属调查，由农户进行确认。对存在争议的地块，待争议解决后再登记。
第三步：测量地块成图。按照农村承包土地调查技术规范对承包地块进行测量和绘图，并标注地块编码和面积，形成承包土地地籍草图。
第四步：公示审核。由村、组土地承包经营权确权登记工作组审核地籍草图后，在村、组公示。有异议的，及时进行核实、修正，并再次公示；无异议的，由农户签字确认后作为承包土地地籍图，由村组上报乡（镇）人民政府。乡（镇）人民政府汇总并核对后上报县（市、区）人民政府。
第五步：建立登记簿。根据乡镇上报的登记资料，由县（市、区）农村土地承包管理部门按照统一格式建立土地承包经营权登记簿。土地承包经营权登记簿应当采用纸质和电子介质，并进行异地备份。
第六步：完善承包经营权证书。各地根据实际，依照土地承包经营权登记簿记载内容，适时对承包经营权证书进行完善。
第七步：建立农村土地承包管理信息系统。县（市、区）农村土地承包管理部门应当根据登记过程中形成的影像、图表和文字等材料，按照统一的标准建立农村土地承包信息数据库和农村土地承包管理信息系统，实现农村土地承包管理信息化。
第八步：资料归档。按照档案管理相关规定，将农村土地承包经营权确权登记资料整理归档保存。
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