由于政府出让土地没有征收增值税，所以企业支付的土地出让金也随之无法取得增值税的专用发票作进项税额抵扣。为了解决这一特殊问题，给予房地产开发企业减税，在36号文中关于土地出让金的成本扣除，采用了常规抵扣法以外的另一手段——差额计税法。显然，差额计税并非是通过发票认证、抵扣的方式来实现成本的扣除，而是在销项中，即房地产开发企业的销售收入中扣除土地出让金来实现土地成本的扣除，当然，房地产开发企业支付给建筑施工企业的工程款等依然采用抵扣法。
具体操作而言，即房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目，以取得的全部价款和价外费用，扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额为销售额，也就是在销项采用差额计税的方法来扣除土地出让金。
土地在具备出让条件后，由国土评估机构对土地招拍挂的基价进行评估确定，以价高者得的原则进行招拍挂，国有土地使用权出让合同签订后，土地受让方凭市国土资源管理局开具的“国有土地资金缴款通知单”按规定的时间将土地出让金直接交市财政局收费中心。市财政局收费中心在征收款项的同时，向土地受让方开具“土地出让金专用收据”。市国土资源管理局凭“土地出让金专用收据”办理土地使用权证。市财政局收费中心将土地出让金划转到“财政局土地出让金专户”。
各地规定土地出让金的征收标准不一，现在国家没有具体的标准。各地政府参考《中华人民共和国土地管理法》|第四十八条，《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十五条等规定制定当地的征收补偿标准。
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