2001年年底，清华大学率先把自己草拟的校企改制方案上报到教育部。校办企业改制，这一敏感问题被推到风口浪尖。
高校办企业是改革开放后产学研结合的产物。以"清华系"为首的校企曾经创造了中国校办产业的辉煌。但是随着企业规模的扩张和外在环境的变化，校办企业的痼疾也开始显露，甚至恶化。
为了规范学校企业的管理体制，为校办企业发展提供更广阔的空间，校企改制在本世纪初被国务院提上议事日程。
如何改?怎么改?尚未有范例和经验。从上报方案开始，作为国家高校产业改制试点单位之一的清华大学的一举一动，便成为全国800多所高校关注的焦点。
两年一役，清华大学的校企改制，被称为一场"彻底的手术"，既理清了产权关系，又搭建了"防火墙"，也为后来整合"清华系"上市公司资源铺平了道路，更是成为全国其他高校校企改制的参照样本。
校企痼疾
校企改制是从2000年开始酝酿的，缘于一封信。
时任微软中国区总裁的李开复给当时主管教育的国务院副总理李岚清写了一封信，反映清华大学普遍存在的"三为"教授问题。信中说，一些教授既要上课，又要搞技术研发，还要搞公司的经营管理，这对一个学校的教学影响太大了。
当时有媒体也报道说，"推开一间清华的教研室，里面就有一家企业。"实际情况更令人震惊，清华大学当时共有146间教研室，却注册了164家企业。
除"三为"教授外，校企的一系列痼疾也困扰着清华大学。用一位直接参与校企改制的人士的话来说，"当时国企的毛病，校企都有;国企没有的毛病，校企也有。"
其中，最主要的"毛病"莫过于产权不清，校企不分。一方面，当时的校企大多注册为全民所有制和集体所有制企业，学校要对企业承担无限责任，企业经营状况不好又给学校带来烦恼。
1990年代中期，清华一个小型校办企业，曾经拖欠银行60多万元贷款，无力偿还。银行便找到学校要求代为还款，甚至差点查封清华的学校账户。
另一方面，清华大学又以行政方式管理校办企业，企业管理、经营、发展受到很大制约。当时清华校企虽然涌现出清华同方、清华紫光、诚志股份（000990，股吧）等多家上市公司，但是学校的国有资产和上市公司纠缠不清，阻碍了上市公司的进一步发展。
人事问题也困扰学校和企业。当时清华校企的雇员尤其是管理人员，也同时是清华事业编制的人员，享受学校的福利待遇。有了这个背景，不少清华教授义无反顾地"下海"，企业办得好就办，不好可以接着回院系。这也使现代企业的约束与激励机制很难在校企中有效实施。
虽然背靠高校资源，但是校办企业的经营状态却难如人意。一则名为《中关村（000931，股吧）校办企业现状与问题研究》的报告曾在业界引起轩然大波，校办企业的平均经营利润比其他企业低了将近一半，出口更不到其他企业的十分之一。
当时，清华大学的校办企业虽然涌现了几家大企业，也不乏技术欠缺，经营不善的"小僵尸企业"。清华给其提供给的资源和优惠政策像保护伞一样，为其减少了市场冲击，所以到改制前，清华大学不少院系企业虽然效益不佳，但仍然顽强生存。
从"校办企业"到"校有企业"
"三为"教授和校企痼疾也引发了决策层的高度关注。2000年，由国务院牵头，九部委（包括体改办、教育部、财政部、经贸委、证监会、人事部、劳动部、国家税务总局和国家工商总局）和清华、北大共11家单位成立联合调查组，进行调研，探索校企的国有资产的管理机制和校企改制问题。
鉴于世界名校如美国哈佛大学、斯坦福大学也有经营性资产，而且数额巨大，每年资产运作在100亿到160亿美元，也为学校补贴教学和科研经费，所以当时的联合调查组认为，无论从历史还是现实的眼光看，都不该把校办企业一棍子打死、彻底否定掉，而应让校企"独立做人"，建立现代企业制度，给校办企业更加广阔的发展空间。
为祛除校办企业的制度缺陷，2001年11月1日，国务院办公厅发布了体改办、教育部等提出的《关于北京大学清华大学规范校办企业管理体制试点指导意见》（国办函[2001]58号），提出试点工作的主要目标就是明晰校办企业产权关系，逐步建立和完善学校在创办高科技企业中的投入与撤出机制。
2001年年底，清华大学率先把自己草拟的校企改制方案上报到教育部。2002年3月，方案得到了教育部批准。清华大学校企改制正式拉开帷幕。
清华大学校企改制方案的核心，简单来说，就是把"校办企业"变成"校有企业"，高校不再是亲自"办"企业了，而是通过资产纽带"拥有"子公司股权，按法人治理结构去经营所投资校有资产。
具体的改制分为两个层面。
首先，为了解决国有资产所有者的缺位问题，国家授权清华大学作为国有经营性资产的管理机构，成立了由六人组成的清华大学经营资产管理委员会，对学校负责。学校就是清华企业的出资人。
其次，成立从事资产经营的清华控股有限公司，由它负责学校原来所有的资产经营和运作。清控是自主经营的法人实体，清华大学拥有100%的股权。清控以控股、参股等方式与下属公司发生投资关系，并派出董事参与经营决策，负责国有资产的保值增值和向学校投资回报，其收益直接上缴学校。
清控的经营班子由学校选派，清华大学资产经营管理委员会领导和监督控股有限公司的工作，不再与行政管理混淆。
清华控股的成立为清华大学与校办企业之间搭建起一道"防火墙"。至此，清华大学与校办企业完成了形式上的分离。所以2003年4月，清华控股有限公司的成立，也标志着清华校企改制工作基本完成。
"最彻底的手术"
清华的校企改制曾经被誉为"最彻底的手术"，因为清华校企从此与清华大学实现了资产分开、管理分开、人员分开、地域分开、名称分开。当然这次"手术"也引起了不小的震动，历时两年才完成。
与其他企业改制一样，清华的校企改制也是从清查资产开始。以2001年12月31日为基准日，清华大学对学校全资和控股、参股企业进行了全面的审计评估。清查结果表明，学校拥有的资产总额为27亿元。
在此基础上，清华大学还对各院系办的29家全民所有制或集体所有制企业，进行了关停转制，撤销24家，合并1家，转制4家。因为要承担"无限连带责任"，在关停一些企业的过程中，清华还拿出了一笔资金为其偿还了债务或贷款。
前述参与校企改制的人士回忆道，有些企业相当于院系里的"小金库"，撤并工作难度相当大，甚至跑到校长那里告状求情。
接着，学校和企业实现了人员分开。清华大学党政领导将不再兼任校企职务。在企业工作的事业编制人员，原则上都要将其劳动人事关系转入企业。学术带头人或项目负责人在成果转化的过程中，可以根据企业的需要，以借调的方式到企业工作，借聘期一般不超过2年，摒弃"三为"教授现象。
改制时期，清华的校办企业一律退出校园中心区，入驻清华大学东门口的清华科技园。彻底杜绝"推开一个教研室就是一间企业"的问题。
最后，除了清华控股有限公司以外，所有企业的"清华"冠名将逐步取消。"清华"这块招牌曾经作为无形资产给校企发展带来巨大的好处。同方前任总裁陆致诚就曾坦言，冠名"清华"给企业节约了不小的成本并带来可观的效益。在校企改制前，78%的校企冠名"清华"，甚至社会上的洗车房、网吧也在滥用，甚至还引发了数起诈骗案。
通过改制，清华大学与企业实现了名称上的分开。前述参与改制人士表示，企业最终是要通过技术、产品、市场等自身实力才能在社会上立住脚，而不是仅仅靠"清华"的招牌。
（一）员工身份置换
通俗点讲，所谓员工身份置换就是通过给予一定的经济补偿，将“铁饭碗”变成劳动合同，打破职工对企业的依赖，解除国有企业对职工承担的“无限责任”。《国务院办公厅转发国资委关于进一步规范国有企业改制工作实施意见的通知》（国办发【2005】60号）规定，国有企业改制要切实维护职工的权益，实施改制前，原企业应当与投资者就职工安置费用、劳动关系接续等问题明确相关责任，并制订职工安置方案。职工安置方案必须经职工代表大会或职工大会审议通过，企业方可实施改制。职工安置方案必须及时向广大职工群众公布，其主要内容包括:企业的人员状况及分流安置意见;职工劳动合同的变更、解除及重新签订办法;解除劳动合同职工的经济补偿金支付办法;社会保险关系接续;拖欠职工的工资等债务和企业欠缴的社会保险费处理办法等。
实现企业员工身份置换，是企业市场化配置劳动力资源的基础，是实现劳动力自由流动的前提，也是企业转换经营机制、轻装进入市场的重要条件。
（二）买断工龄
国有企业改革初期，“买断工龄”成为众多企业安置富余人员的一种办法，即参照员工在企业的工作年限、工资水平、工作岗位等条件，结合企业的实际情况，经企业与员工双方协商，报有关部门批准，由企业一次性支付给员工一定数额的货币，从而解除企业和富余员工之间的劳动关系，把员工推向社会。时至今日，“买断工龄”根本违反劳动法，1999年国家经贸委、财政部、中国人民银行《关于出售国有小型企业中若干问题意见的通知》也强调：“确保企业职工合法权益不受侵犯，出售方应在申请出售前征求职工对出售方案和职工安置方案的意见，任何部门和单位不得在企业出售中终止职工社会保险关系，不得借出售之机，违反国家有关规定对职工‘买断工龄’或为职工办理提前退休把职工推向社会。”
因此，国企改制过程中的职工安置必须严格贯彻《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规，严禁推行或变相推行“买断工龄”。对企业富余人员要依法解除劳动合同，并按照法定标准给予经济补偿，切实维护职工的合法权益。
（三）经济补偿的支付方式
实践中存在的经济补偿金支付方式主要有货币补偿、股权补偿和债券补偿等方式。现金支付方式是指在转换企业员工身份时一次性以货币形式补偿员工的支付方式;股权支付方式是指将企业应付给员工的补偿金转为职工对改制后企业所享有的股权;债权支付方式是指将企业应付给职工的经济补偿金转化成职工对企业的债权，通过企业与职工签订合同进行偿还。不同的支付方式有各自的利弊，选择不同的支付方式决定了相应的利益调整方式，支付方式的选择取决于职工意愿、企业的财务状况、资本结构和公司治理结构等。《关于国有大中型企业主辅分离辅业改制分流安置富余人员的实施办法》第（十五）条“对分流进入改制为非国有法人控股企业的富余人员，原主体企业要依法与其解除劳动合同，并支付经济补偿金。职工个人所得经济补偿金，可在自愿的基础上转为改制企业的等价股权或债权。”
（四）拖欠、欠缴费用的支付
《关于国有大中型企业主辅分离辅业改制分流安置富余人员的实施办法》第（十三）条规定“改制企业对所欠原主体企业的债务，要制定出切实可行的还款计划，按期偿还;原主体企业要按规定妥善处理拖欠职工的集资款、工资、医药费和欠缴社会保险费等债务问题。”《关于进一步规范国有企业改制工作的实施意见》（国办发【2005】60号）第四条第（五）款规定“企业改制时，对经确认的拖欠职工的工资、集资款、医疗费和挪用的职工住房公积金以及企业欠缴社会保险费，原则上要一次性付清” 。
企业改制的法规有：《公司法》;《证券法》;《企业国有资产监督管理暂行条例》;《关于规范国有企业改制工作的意见》;《关于企业兼并的暂行办法》;《企业国有产权转让管理暂行办法》。
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