（一）软件著作权登记申请费用：250元/件次
上述费用只是限于程序及其一种文档的登记，如申请登记多种文档，每增加一种文档，增收80元，申请例外交存手续费：320元/件次。
（二）软件权利转移备案费用
转让或许可：300元/件次
继承：200元/件次
（三）软件著作权续展费用：550元/件次
（四）软件著作权登记证书、软件权利转移备案证书和软件著作权续展证书费各为50元/件。
（五）变更或补充登记费用：150元/件次
（六）异议请求费用：150元/件次
（七）复审请求费用：150元/件次
（八）软件源程序封存保管费用：100页内120元，超过100页的，每增加一页增收2元。
（九）请求延期处理费用：第一次100元/件次;第二次200元/件次。
（十）查询费：
1、计算机信息库查询费用
（1）题录库查询：检索登记库中某类软件目录：
最近五年信息：每题100元
超过100条，每条加收0.30元
追溯查询（五年前）：每题150元
超过100条，每条加收0.50元
（2）文摘库查询：查询某个软件的简介文摘
最近五年信息：每题20元
超过3页，每页加收0.50元
追溯查询（五年前）：每题30元
超过3页，每页加收0.50元
（3）著作权概况查询：查询某个软件著作权情况
最近五年信息：每题200元
超过3页，每页加收0.50元
追溯查询（五年前）：每题250元
超过3页，每页加收0.50元
2、纸介质查询费
对指定登记号的档案进行查阅，每件次收费2元。如需复印加收复印费。
计算机软件所有人应向软件登记机构办理软件著作权登记。软件登记机构发放的登记证明文件，是软件著作权有效或者登记申请文件中所述事实确定的初步证明。
凡已办登记的软件，在软件权利发生转让活动时，受让方应当在转让合同正式签订后3个月内向软件登记管理机构备案，否则不能对抗第三者的侵权活动。中国藉的软件著作权人将其在中国境内开发的软件权利向外国人许可或转让时，应当报请国务院有关主管部门批准并向软件登记管理机构备案。
我国《著作权法》规定，公民的作品，其发表权、本法的相关内容规定的权利的保护期为作者终生及其死亡后五十年，截止于作者死亡后第五十年的12月31日;如果是合作作品，截止于最后死亡的作者死亡后第五十年的12月31日。法人或者其他组织的作品、著作权（署名权除外）由法人或者其他组织享有的职务作品，其发表权、本法的相关内容规定的权利的保护期为五十年，截止于作品首次发表后第五十年的12月31日，但作品自创作完成后五十年内未发表的，本法不再保护。电影作品和以类似摄制电影的方法创作的作品、摄影作品，其发表权、本法的相关内容规定的权利的保护期为五十年，截止于作品首次发表后第五十年的12月31日，但作品自创作完成后五十年内未发表的，本法不再保护。
首先是能够帮助著作权人确定和明确著作权的归属，避免今后因为著作权归属问题发生纠纷。享有著作权的重要前提之一，是必须拥有著作权，而著作权归属情况比较复杂，不同情况下创作的作品，尤其是著作权法，规定在很多情况下，允许通过合同约定著作权归属，约定不清的，容易引起著作权纠纷。著作权登记被称做为作品上了一个法律户口，可以在相当的程度上避免或减少纠纷的发生。
第二个作用，是在著作权人被侵权需主张自己的权利时，登记的事项可作为拥有权利的初步证明。著作权自动产生原则，为著作权人取得著作权提供了便利。但也正是由于没有登记，使著作权在行使和维护权利时，因为无法举出有利的证据而苦恼。
第三个作用，在授权时，登记的内容可以作为拥有权利的证明，有利于版权交易的进行。作品的价值实现和行使著作权的实际意义，在于使用作品，或者是授权他人使用作品。使用者在取得授权时，也会对授权人身份和权利的来源进行审核或者要求提供证明，这对著作权人同样也会感到不便。而向使用者提供由登记机构开具的登记证明，会有助于使用者消除顾虑，促进作品的顺利使用。
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