农村土地承包经营权证丢了可以申请补办。
根据《农村土地承包经营权证管理办法》规定：
第十七条：农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的，承包方应向乡(镇)人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。
经乡(镇)人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。
第十八条：办理农村土地承包经营权证换发、补发手续，应以农村土地经营权证登记簿记载的内容为准。
第十九条：农村土地承包经营权证换发、补发，应当在农村土地承包经营权证上注明“换发”、“补发”字样。
为此，农村土地承包经营权证遗失依照上述规定申请补发，并依照第十九条规定在农村土地承包经营权证上注明“换发”、“补发”字样。
根据不同的经营承包经营方式（以家庭承包经营的承包方、其他方式承包经营的承包方）由县级以上地方政府依法登记、审核、核发。
农村土地承包经营权证重要，是证明当事人是否拥有这块土地用于生产经营。农村土地承包经营权证能维护承包方依法取得土地承包经营权，是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有的土地承包经营权的法律凭证。它有利于进一步稳定和完善农村土地承包关系；能解决农村的土地承包原始数据和资料保护不力，流转过程中合同不规范、面积不准确、信息不对称等问题；对深化农村改革、依法引导和规范农村土地承包经营权流转等具有十分重要的意义。
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