总公司注销，分公司也要注销。有分公司的公司申请注销登记，还应当提交分公司的注销登记证明。《中华人民共和国公司登记管理条例》的相关内容规定公司撤销分公司的，应当自撤销决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关核准注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。
分公司是指在业务、资金、人事等方面受总公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于总公司分支机构，在法律上、经济上没有独立性，不具有企业法人资格，仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，分公司的所有资产全部属于总公司。分公司与总公司在经济是统一核算，其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。分公司不独立承担民事责任，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关，总公司要对分公司的债务负无限责任。综上，分公司依附于总公司而存在，总公司注销后，为分公司承担民事责任的主体消亡，分公司也要注销。
总公司注销了分公司不可以独立存在。分公司是指公司在其住所以外设立的从事经营活动的机构。分公司不具有企业法人资格。所以总公司都注销了，一个没有企业法人资格的分公司肯定也不能独立存在。
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