（一）在破产债权申报环节上，破产企业所欠税款等的申报问题没有明确
新、旧企业破产法均没有明确相关税务机关的申报问题。在新破产法颁布前，《最高人民法院关于破产企业拖欠税金是否受破产法规定的破产债权申报期限限制问题的答复》中，最高院认为破产企业所欠税款不属于破产债权，不适用《中华人民共和国破产法》第九条的规定，即不需要申报。由此导致在司法实践中，税务机关怠于申报债权和提供证据资料，但在破产财产分配时却要求人民法院予以确认分配，可能不利于破产程序的进行。新的破产法对此也无作出明确的规定。在地方性的法院文件中也有类似的规定，比如《北京市高级人民法院审理企业破产案件操作规程》的相关内容规定：登记债权应注意区分不同清偿顺序的债权。第一清偿顺序的劳动债权与第二清偿顺序的税务债权应分别登记，该部分债权不需申报，由清算组、相关部门提交有关证明材料和计算依据。《广东高院关于审理破产案件若干问题的指导意见》的相关内容规定：法院宣告企业破产后，应由破产清算组通知税务部门核定破产企业所欠税款，税务部门未在债权申报期限内将破产企业所欠税款告知清算组的，不影响其依照法律规定的清偿顺序参与破产财产分配。ヒ陨瞎娑ㄒ求破产清算组主动调查破产企业的税收债权，已经与新破产企业法将其列入破产债权的立法精神相违背，应当不能继续适用。笔者认为，为使管理人快速调查核实债务人所欠缴税款及相关的社会保险费用，实现破产法与税收法、社会保险法的立法衔接，最高院可以联合税收等机关规定：人民法院受理破产申请后，管理人应在规定的期限内通知相关行政征收机关及时申报税款、社会保险费等债权并提交相关证据资料。征收机关在指定的日期内怠于申报导致管理人无法查实的，由征收机关自行承担相应不利后果，对于已经进行财产分配的，不再清偿。
（二）在破产债权确认程序问题上，规定过于原则，缺乏可操作性
新破产法将旧破产法下由债权人单一主体的审查模式，变更为管理人审查、债权人会议核查，人民法院最终确认的复合审查模式，该模式的建立有利于对债权人合法利益的保护，但因为破产法规定的过于原则，缺乏可操作性，实践中不利于争端的解决。
所谓破产债权确认诉讼是指债务人、债权人对破产管理人审核记载的债权有异议的，可以向法院提起民事诉讼，由法院以实体判决的形式审查确认有争议的债权。
破产债权确认诉讼的性质：
关于破产债权确认诉讼的法律性质。在国外主要有以下四种观点：
（一）认为是为了破产性执行而得到债务名义的给付诉讼；
（二）认为是要求异议者作出撤回异议或者承认债权的意思表示的给付诉讼；
（三）认为是为了达到消灭异议的效果，形成债权之效力为目的的形成诉讼；
（四）认为是求得对破产债权的适格、存否、顺序以及数额等成为异议的对象的事项加以确认的确认诉讼。
日本著名破产法学家石川明认为第四种观点为正确的观点。
在我国，因为债权确认诉讼为《企业破产法》新创设的诉讼制度，学界对其性质尚缺乏深入的研究。但不外乎可理解为确认之诉、形成之诉和给付之诉三种性质。
因为，人民法院受理破产申请后，债权人就存在争议的债权起诉债务人要求其承担清偿责任已事实上不可能，只能就确定的债权参与破产财产分配或重整、和解程序，故这种诉讼不属于给付之诉。
同时，这种诉讼目的并非在于消灭异议的效果，而在于确认债权，直接确定其能否参加分配受偿，故非形成之诉，实为典型的确认之诉。因此，有关债权争议诉讼，可称为破产债权确认之诉。
新的破产企业法规定了破产企业债权最终确定的两个途径，一是债权人、债务人对经债权人会议核查的债权表记载的债权无异议的，由人民法院裁定确认，在这种情况下，人民法院对债权表记载的债权不需要实质审查，其需要做的就是以裁定方式确认债权表的登记内容。
另一种情况下，是在债务人、债权人对债权有异议的情况下，向人民法院起诉，通过诉讼判决的方式确定。因为此种诉讼有别于一般诉讼，笔者在此详细讨论如下：
（一）诉讼当事人的确定1、债务人有异议的情形
新破产法的相关内容规定管理人的职责之一是“代表债务人参加诉讼、仲裁或者其他法律程序”，那么，第58条第3款中的“有异议的债务人”是否指管理人呢?从逻辑上看显然不是，因为债权表是管理人编制的，管理人不可能编制一个自己有异议的债权表。从法理上来看，管理人虽然接管了债务人的财产和事务，但管理人显然不是债务人，管理人的法律地位独立于债务人。因此，当债务人有异议的，法律应当允许债务人以自己的名义独立提起诉讼，而不是破产管理人。
原告为债务人时，谁是被告?立法对此没有规定。笔者认为被告应是其债权受到异议的债权人，理由有二：一是管理人虽然是债权表的编制者，但只是对债权进行初步审查，与债权表的记载无利害关系，不应当作为被告;二是受异议债权人是债权关系的一方当事人，实体权利义务发生在债权人和债务人之间，与受异议的债权有直接利害关系。
2、债权人有异议的情形债权人有异议应当分为两种情形。
一是债权人对债权表记载的自己的债权的数额有异议，或者对破产管理人未在债权表上记载自己的债权有异议的，可以作为原告诉请法院确认其债权。新破产法未规定这时谁应当是被告，笔者认为从破产法的规定以及债权表的编制者来看，应以破产管理人为被告，由破产管理人代表破产企业应诉。
二是债权人对债权表记载的他人债权有异议。因为他人债权的记载也会直接影响到异议人的利益，因此这种异议是很可能发生的，第58条也没有排除这种情形下债权人的诉权，那么这时债权人可以就债权表记载的他人债权提出债权确认诉讼吗?笔者认为，这种情况下，法院应当不予受理债权人的起诉。理由如下，一是这种情况不符合民诉法规定的起诉条件，原告不是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织，不是债权债务关系的当事人;二是债权人可以通过其他途径维护自身的合法权益。债权人可以向破产管理人提交相关的证据，证明其他债权存在瑕疵，请求管理人予以更正，否则可以以管理人没有忠实履行职务为由，依据破产法第131条提起赔偿诉讼。
（二）债权确认诉讼程序与破产程序的协调。
因我国《企业破产法》立法对破产程序和实体争议民事诉讼程序已采取分别审判主义，故债权确认诉讼并不会影响破产程序的进行。但是，由于债权确认诉讼的目的在于确定债权人能否参加破产财产的分配，而债务人破产案件与有关债权确认诉讼案件的审理程序分别进行，两者往往不能同步，故必然会产生法律上的程序协调问题。如债权确认诉讼案件先行审结，则已经判决确认的债权当然可以参加破产财产分配。但是，如果债务人破产清算提前完成，至破产财产分配时，相关债权确认诉讼案件仍然未审结的，此时，管理人应依据《企业破产法》的相关内容规定，对诉讼未决的债权，应当预留其分配额，并将其提存。待诉讼案件审结时，再按照最后判决确定的债权进行分配;如果自破产程序终结之日起满二年仍不能受领分配的，人民法院应当将提存的分配额分配给其他债权人。因此，债权确认诉讼不能过分拖延，必须在破产程序终结之日起满二年内完成，否则将失其法律和经济意义。
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