一般的民事诉讼中原告可以处分自己的实体权利，可以和被告和解。通过和解的方式来解决股东代表诉讼的实体问题，是符合诉讼经济原则的。然而，股东代表诉讼的和解与一般的民事和解不甚相同，由于股东个人的利益有可能与代表诉讼中被代表的公司利益发生冲突，若原告股东在代表诉讼中与被告达成和解或自动撤诉，从而在诉讼之外得到个人的不正当利益（例如由公司高价收购其股票等），则完全背离了股东代表诉讼的制度目的。
有鉴于此，为防止股东滥用诉权而损害公司利益，确保其和解内容的公正性和合理性，人民法院应当以是否损害公司和其他股东的利益为标准，严格审查股东与被告公司签订的案外和解协议或者撤诉请求。
凡未经法院批准的和解协议或者撤诉均不具有约束力。以后公司仍然可以间接诉讼中的同一事实和理由向人民法院提起直接诉讼，或者公司其他股东以同一事实和理由而提起代表诉讼。
人民法院“在审查和解协议时，应当综合考虑协议中同意赔偿公司损失的金额在公司应当获赔金额中的比例、原告股东胜诉的可能性以及被告的偿付能力等因素。若人民法院认为，和解协议明显侵害公司和其他股东的利益，严重违背诚信原则和公序良俗，则有权否定和解协议之效”，（"股东的代表诉讼提起权之比较研究"，载于《中国民商审判》总第1卷，第96页）同时，原告股东应将和解内容通知公司，并对受到影响的其他股东进行通知或者公告。其他股东对和解提出异议，经法院许可，可以向人民法院提供证据而要求撤销和解。
我国民事诉讼法对股东代表诉讼的管辖问题未置明文。律师认为，由于股东代表诉讼的实质原告是股东所在的公司，只是因公司怠于或者拒绝提起诉讼而由股东代表其提起诉讼而已，因此，在公司监事会、监事、董事会、执行董事等对公司负有违约或者侵权之债时，作为债权人的公司应当向哪个法院提起诉讼，股东代表诉讼中的原告即应向哪个法院提起诉讼。这样既可以保持股东代表诉讼制度与我国民事诉讼法律体系之间的协调，也可以充分体现股东代表诉讼中真正原告是公司的精神。
另外，在股东为追究董事责任而提起代表诉讼时，依据合同纠纷案件或者侵权纠纷案件的地域管辖原则，也可由公司住所地人民法院管辖。
根据侵犯人身份的不同与具体情况的不同，提起股东代表诉讼有以下几种程序：
１、公司董事、监事、高级管理人员的行为给公司造成损失时股东代表公司提起股东代表诉讼的程序
按照《公司法》的规定，公司董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。为了确保责任者真正承担相应的赔偿责任，《公司法》对股东代表诉讼作了如下规定：
（1）公司董事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定的，股东通过监事会或者监事提起诉讼。公司董事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续180日以上单独或者合计持有公司1％以上股份的股东，可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼。180日以上连续持股期间，应为股东向人民法院提起诉讼时，已期满的持股时间；规定的合计持有公司1％以上股份，是指两个以上股东持股份额的合计。
（2）监事执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定的，股东通过董事会或者董事提起诉讼。监事执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续180日以上单独或者合计持有公司1％以上股份的股东，可以书面请求董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事向人民法院提起诉讼。
（3）股东直接提起诉讼。监事会、不设监事会的有限责任公司的监事，或者董事会、执行董事，收到有限责任公司的股东、股份有限公司连续180日以上单独或者合计持有公司1％以上股份的股东的书面请求后，拒绝提起诉讼，或者自收到请求之日起30日内未提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续180日以上单独或者合计持有公司1％以上股份的股东，有权为了公司的利益，以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
２、其他人的行为给公司造成损失时股东提起股东代表诉讼的程序
公司董事、监事、高级管理人员以外的其他人侵犯公司合法权益，给公司造成损失的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续180日以上单独或者合计持有公司1％以上股份的股东，可以通过监事会或者监事、董事会或者董事向人民法院提起诉讼，或者直接向人民法院提起诉讼。提起诉讼的具体程序，依照上述股东对公司董事、监事、高级管理人员给公司造成损失的行为提起诉讼的程序进行。
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