保证金预留比例由发承包双方自行约定，但不得高于工程价款结算总额的3％。
缴存企业在同一省级行政区域内有多个在建工程项目，或单个工程项目合同造价较高的，应适当降低缴存比例或设置缴存金额上限。其中，在同一工资保证金属地管辖区域（设区的市），缴存金额上限原则上不得超过500万元。对同一工程建设项目，工资保证金监管部门不得要求企业重复缴存工资保证金。
《建设工程质量保证金管理暂行办法》第十条有对工程质保金的具体规定，当建设单位在接到施工单位返还保证金申请后，应于14日内会同施工单位按照合同约定的内容进行核实。如无异议，建设单位应当在核实后14日内将保证金返还给施工单位，逾期支付的，从逾期之日起，按照同期银行贷款利率计付利息，并承担违约责任。建设单位在接到施工单位返还保证金申请后14日内不予答复，经催告后14日内仍不予答复，视同认可施工单位的返还保证金申请。
同时，住建部为了减少建筑企业负担，细化了相关规定。
（一）规定两种情况不得预留工程质量保证金：在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，建设单位不得同时预留工程质量保证金；采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，建设单位不得再预留保证金。
（二）缺陷责任期最长2年：从工程通过竣工验收之日起，自动进入缺陷责任期；缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、建设单位和施工单位在合同中约定。
所谓工程履约保证金，是指工程发包人为防止承包人在合同履行过程中违反合同约定，并弥补发包人因此造成的损失而要求承包人交纳的一定数目的金钱。发包人不得将履约保证金挪作他用，并在工程竣工验收后退还给承包人。
工程质量保证金（亦称工程质量缺陷保修金），是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。（《建设工程质量保证金管理办法》第2条）
通俗而言，履约保证金是一种担保，工程质量保证金是工程款的一部分。
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