对合伙企业投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为24000元／年。
合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税，合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
修订后的《合伙企业法》将法人纳入了其中，并规定合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。
财税〔2000〕91号文件规定，合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得。
投资者的工资不得在税前扣除，投资者兴办两个或两个以上企业的，其准予扣除的个人费用，由投资者选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除；企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除；投资者及其家庭发生的生活费用不允许在税前扣除。
根据现行规定，涉及到的税收（含随税征收的政府性基金）一般有：
（一）增值税（属于小规模纳税人，销售收入＊４％）；
城市维护建设税（增值税额＊７％或５％或１％，视纳税人所在地区为城市或县城建制镇或农村地区）；
（二）教育费附加（增值税额＊３％）；
（三）地方教育附加（增值税额＊１％）；
（四）个人所得税（根据不同的所得额级距，适用税率５％～35％五级超额累进税率）；
（五）印花税｛分别按建立的营业帐簿［记载资金的总帐确为：（实收资本＋资本公积）＊５／10000；其他帐簿：帐簿本数＊５元／本］；签定的购销合同（合同标的金额＊３／10000）申报缴纳｝，
（六）车船使用税（按载客量或载重量定额缴纳，每年纳税一次）
（七）房产税【自用房产，房产原值＊（１－30％）＊1.2％，每年计算应纳税额一次，可以分期缴纳】。
因为有的税种与经营收入有直接关系，有的税种则与经营收入没有直接关系，所以要区分情况确定是否缴纳税款。
（一）凡与经营收入有直接关系的纳税事项（如增值税、个人所得税、城建税、教育费附加等）一般以一个月为一个纳税期限，规定在月份终了后10天内申报纳税，并且不管当月是否取得应税收入均应办理纳税申报。即使在应税收入为零的情况下，也要向主管税务机关办理“零申报”，以明确纳税方面的法律责任。
（二）凡与经营收入没有直接关系纳税事项（如印花税、房产税、车船使用税、土地使用税等），则根据税法方面或当地具体规定的纳税期限办理纳税申报。属于行为税的印花税一般在建立、订立和领受相关纳税凭证时，即应申报纳税。
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