在员工申请劳动仲裁后，公司是否可以暂停其工作，这主要取决于具体的仲裁情况和公司的内部规定。
1.一般情况下，如果员工因劳动争议申请仲裁，公司应按照法定程序处理。在此期间，公司可以与员工进行协商，寻求解决方案，以避免仲裁的发生。
如果仲裁已经启动，公司应尊重仲裁委员会的决定，并遵守相关程序。
2.公司也可以根据实际情况，与员工协商暂时停职的事宜。
例如，如果员工涉嫌违纪或存在其他需要调查的情况，公司可以与员工协商暂时停职，直到得出调查结果为止。
但需要注意的是，公司应当遵守相关法律法规，保障员工的合法权益，不能单方面强制员工停职。
为了预防和解决劳动争议，公司应当从多个方面入手。
1.公司应当制定明确的录用条件、企业规章制度等内部文件，并在员工入职时告知其具体内容。这些内容应当合法、合理，不得违反法律法规的规定。
2.公司应当与员工签订内容全面、细致的劳动合同，避免产生歧义。
（1）在合同中，应当明确约定工作内容、工作地点、薪酬福利、工作时间和休息休假等内容。
（2）公司还应当注意签订各种单项协议，例如竞业限制协议、保密协议等。
3.在处理违纪或不合格员工时，公司应当注意收集和审查相关证据。
在确凿的证据下，可以依法对员工进行处理。同时，公司也应当建立合法的薪酬政策与福利、奖惩及保险制度，保障员工的合法权益。
当出现劳动争议时，公司应当采取合理的方式进行处理。
1.公司可以与申请人进行协商，寻求其撤回仲裁申请。如果双方能够达成一致，这将是最为理想的解决方案。
2.如果协商无果，公司应当尽快与现有员工补签书面劳动合同，并发出书面通知要求签订劳动合同。这样可以避免因未签订书面合同而引起的争议。
3.如果公司的员工数量较多，且确实发生了连锁反应，公司可以与当地政府、劳动监察部门联系沟通，请求他们居间协调。这将有助于缓解矛盾，促进双方达成共识。
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