《中华人民共和国城市规划法》第40条的规定：“在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证或者违反建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令停止建设、限期拆除或者没收违法建筑物、构筑物或者其他设施；影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令限期改正，并处罚款。”可以得到以下结论：
（一）县级以上地方人民政府的城市规划部门，是处理违章建筑的行政主管部门，拥有对违章建筑进行行政认定的权力；
（二）区分不同情况，对违章建筑的处理方式包括：停止建设、限期拆除、予以没收和补办手续、并处罚款；
（三）在具体适用时，应当根据不同情况，分别采取不同的方式：如果该建设工程处在正在建设过程之中，则应当根据《城市规划法》第40条的规定，由城市规划部门责令其停止建设。如果该建设工程已经完工，且严重影响城市规划，则应当根据《城市规划法》第40条的规定，由城市规划部门作出：限期拆除，或者予以没收的处理。如果该建设工程已经完工，虽然“影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门”作出：补办手续，并处罚款的处理；
（四）在上述法定的处理方式中，我们可以作以下理解：限期拆除，留给了违章建筑业主一定的处理能够转移物料的时间；补办手续，则是对违章建筑的事后确认，使之合法化；
（五）在违章建筑索赔纠纷中，对违章建筑的业主来说，既有不应当受到法律保护的权益，主要表现为由于擅自建设的违法行为而给行为人带来的利益；又有应当受到法律保护的权益，依法享有的申请补办手续、在限期内进行拆除的合法权益。对这两种性质不同的权益，应当区别对待，分别作出适当处理。
即使是对于违章建筑，也需要严格按照一定的程序来拆除，那么，违章建筑的拆除的程序是怎样的呢？第一，立案。立案就是执法部门对于发现或接到投诉、举报等事实或者材料后，认为有违法事实发生或存在并需要追究法律责任时，决定把它作为行政案件进行查处的一种活动。第二，调查程序。在调查中，应当注意以下几点：首先，调查人员不得少于2个人。其次，调查人员要主动出示执法证件。第三，决定程序。首先是告知，听取陈述、申辩，这个主要是保证被处罚人的知情权、陈述权、申辩权。执法人员在作出处罚决定前，一般会书面告知被处罚人行政处罚的事实、理由和依据。被处罚人有权陈述、申辩，如果执法人员拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立。然后是听证，听证是指行政机关实施行政处罚过程中，在作出决定前，由非本案调查人员主持，听取调查人员提出当事人违法的事实、证据和行政处罚建议与
根据我国《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定：“拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿;拆除未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。”因此，在拆迁过程中，拆迁人对拆除违章建筑不予补偿。
国务院公布的《国有土地上房屋征收与补偿条例》于2011年1月施行，其中对违章建筑的拆迁补偿可根据实际情况处理，当事人对行政机关作出的建筑物是否属于违法建筑及对违法建设的处理结果不满，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼，在诉讼程序未完结前，不能作出征收补偿决定。
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