由城市规划部门拆除违章建筑。
法条依据：《城市规划法》第四十条：“在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证件或者违反建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的，由县级以上人民政府城市规划行政主管部门责令停止建设；
限期拆除或者没收违法建筑物、构筑物或者其他设施；影响城市规划，尚可改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令限期改正，并处罚款。”
除以下几种情况的，违建房屋就要拆除。
（１）有利于农业发展的建筑物，不需要拆除。
（２）当初在国家规定的条件下、满足国家标准的房屋，比如当初国家规定这类农户可以享有一户多宅政策的，处于这种情况中的农户房屋，可以保留。
（３）农户家庭条件确实贫困，只有这一处房屋、并且这处房屋虽被定性为违章建筑需要拆除，但只要农户的房屋面积不大，符合贫困住房的面积指标，这种违规房屋就会被保留，无需拆除。
（４）只要农户在自家宅基地上建起的院落、棚子等，只要建筑物的所在之处没有超出自家宅基地的使用范围，就视为合法建筑，不能拆除。
（５）国家鼓励农村的工业发展，因此在农村建立起来的一些“三无厂房”，即没有相关土地证明或其他证件的仓库用房，可以暂缓拆迁，厂房负责人可以在此期间去有关部门补齐相应的手续，厂房就可免于拆迁，并可继续使用。
（一）农村宅基地不管超出多少，超出的部分就算违章建筑，只能在宅基地证规定的面积内建住宅。如果有超出部分的，是涉嫌未经批准非法占用土地，也是违反土地管理法律、法规的行为，由县级以上人民政府土地行政主管部门进行处理。
（二）关于违法建筑的拆除及房屋征收时赔偿的问题。对于当事人未经批准擅自建成的违法建筑，根据城乡规划法的规定，对违法建设如果尚可采取改正措施消除对规划的影响，可限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；对无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。至于在房屋征收时对违法建筑的处理的问题，根据国家相关法律的规定，房屋征收时对于违法建筑尤其是抢建的或在征收区抢建搏赔的违法建筑是不作赔偿的。
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