两者并非同一概念，主要区别在于：
（一）主观因素不同。虚假意思主要考察当事人是否具有效果意思，其并不意味着存在恶意，可能存在多种原因，恶意串通是以当事人主观 “恶意”及目的违法为前提。
（二）意思表示外观含义不同。虚假意思表示系指违背真意之表示，表面行为虚假，真实意愿被隐藏起来。恶意串通的意思表示并不以虚假为要件。例如一房多卖的情况下，出卖人就可能与第三人存在恶意串通，又另行签订买卖合同高价出售房屋，此时，很难确定出卖人与第三人之间并非真实意思表示。
恶意串通认定标准：（一）后买受人是否尽到普通买受人必要合理的审慎注意义务。（二）审查房屋实际交易价格，后买受人是否实际支付了合理对价。（三）审查具体的交易方式、过程以及房屋买卖合同的内容是否完整详尽。（四）审查交易双方的关系、后买受人的身份、交易双方是否有不合理的经济往来等。
恶意串通的合同一般都损害了国家、集体或者第三人的利益，是情节恶劣的违法行为。由于这种行为是由于双方相互勾结在一起，共同损害第三者的利益，因此这种合同在被确认无效后，在处理上不是一方赔偿另一方的损失或者互相的赔偿损失，而是则由有关国家机关依法收缴双方所得的财产，收归国家所有或者返还集体、第三人。
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