最高人民法院《民事案件案由规定》(法发〔2011〕41号)第三部分专章规定物权纠纷，其中不动产登记纠纷案由有：异议登记不当损害赔偿纠纷、虚假登记损害赔偿纠纷。这一新的规定也正是为了贯彻执行物权法内容的配套法律。因而异议登记后人民法院作为民事案件受理进行审理不存在法理上或者现实法律上的障碍。但毕竟登记行为是事实行为，登记仅仅是公权力机关对权属来源清楚的物权予以确认的行为，而权属来源才是确定登记簿权利人的依据，因此，利害关系人申请异议登记后应当提起何种之诉，应当视登记依据的权属来源而定。
（一）当事人对不动产物权变动的基础法律系存在争议，如果是移转登记应直接提起民事诉讼 从实践来看，在不动产异议登记中，大部分的当事人实际上是对不动产物权的归属有异议，产生争议的根源在于对物权变动的民事法律关系有异议。从司法实践来看，大致包括：(1)进行不动产物权变动的原因行为(主要是合同行为)无效或应被撤销，致使登记的权利归属与真实权利人不一致而产生的纠纷。(2)无权处分人处分(实践中常表现为出卖或设定抵押)他人不动产并办理了登记，真实权利人(包括共有人)和善意取得第三人同时主张权利而产生的纠纷。
上述案件中，登记对于决定物权归属的作用是有局限的，登记行为并不构成对民事诉讼的障碍。当事人应直接提起民事诉讼，通过解决物权变动基础法律关系来确认物权的归属。以依法买卖地上房屋为例，当事人签订买卖合同后，向登记部门申请登记，如买卖地上房屋的行为有瑕疵，当事人出现纠纷，利害关系人应当向法院提起民事诉讼，而依据该民事诉讼判决即可主张变更。但如果是初始登记，以土地初始登记为例，对新增土地的登记，对权属来源的审核从始至终都为公权力机关，因此利害关系人起诉也应当提起行政诉讼。
（二）当事人对不动产登记合法性存在疑义的，应提起行政诉讼 这类案件主要包括民事析产、确权等行为中，当事人以不动产权证作为证据证明权利，其他当事人对权利证书有异议提请法院撤销的情形，及因登记申请人提供虚假材料进行欺诈导致登记权利人与实际不符而使真实权利人或利害关系人受到损失。对权利证书的异议既包括对不动产权属有异议，也包括对权利证书记载内容，如房屋面积、结构等有异议。
此类纠纷中，不动产登记证明的权利并不是当事人争议的焦点，但如果不推翻或肯定该不动产登记的效力，与其相关的析产等纠纷就无法顺利进行。当事人认为登记机构未尽审查义务，违反登记程序致使不动产登记记载的权利人与真实权利人不一致的，应提起行政诉讼，对不动产登记的合法性进行审查。但在一些案件中，当事人以质疑登记合法性为由起诉，可实际上是希望通过改变登记结果来重新确认不动产归属，主要涉及当事人之间的民事法律关系。对此，基于对诉权的尊重，法院应受理该行政诉讼，对登记行为的合法性进行审查并做出判断只是这种诉讼的结果，并不能最终解决当事人间的不动产权属争议。涉及物权变动原因行为的民事纠纷，应告知当事人另行提起民事诉讼。
（三）当事人对不动产物权变动的基础法律关系存在争议，同时对不动产登记行为合法性也存在疑义的，应分别提起民事诉讼和行政诉讼 在不动产登记案件中，民事诉讼主要对不动产物权变动的基础法律关系进行审查，而行政诉讼主要对不动产登记的合法性问题进行审查，两种诉讼的审理对象不同，可同时进行。但在一些案件中，由于案情较为复杂，可能出现一个审判需以另一审判结果为审理依据的情形，这时就需要中止一个诉讼程序。
（一）异议登记的申请人为利害关系人，未经利害关系人的申请
不动产登记机构不得自行启动异议登记。建立异议登记的目的是为了保护真正权利人的利益，不动产登记簿上的权利人的权利已经得到登记簿的公信力的保护，通常情况下，其不会对登记簿上的权利归属状况提出异议，即便真有不同认识，也完全可以通过更正登记来解决。另外，从《民法典》的相关表述来看，异议登记的申请人也仅表述为利害关系人。
（二）异议登记以登记簿记载权利人不同意变更登记为前提。我国《民法典》规定，“不动产登记簿记载的权利人不同意更正登记的，利害关系人可以申请异议登记。”也就是说，在提出异议登记之前，利害关系人事先是提出过更正登记的，在登记簿记载的权利人或者不动产登记机关不同意更正登记的条件下，更正登记申请人就可以提出异议登记。
（三）申请异议登记需要经过登记簿记载的权利人的书面同意。这点看似有些奇怪，为何权利人会给申请人这样一个书面说明，而允许他人对自己的权利提出异议呢?其实也不难理解，申请异议登记是在权利人拒绝进行更正登记之后才得以进行的，所以权利人的权利此刻还是很有把握的掌控在手，就算给予申请人这样的声明对其本身也没有影响。如果权利人不同意异议登记的话，那么申请人可以先向法院提起诉讼(这里的诉讼笔者认为是提起一个确权诉讼，以达到申请人当初想进行变更登记所达到的效果)，然后在诉讼中再提出异议登记的申请。
（一）异议登记后针对该异议事项第三人不能再构成善意，因此也就无法善意取得该项物权。
（二）异议登记后异议申请人必须在十五日内起诉，不起诉的异议登记失效。
（三）异议登记不当，造成权利人损害的，权利人可以向申请人请求损害赔偿。
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