审判阶段的指定管辖有直接的法律依据，即刑事诉讼法第二十七条规定。
对管辖权发生争议的，应当在审限内协商解决;协商不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上一级人民法院指定管辖。上级人民法院指定管辖的，应当在开庭审判前将指定管辖决定书分别送达被指定管辖的人民法院及其他有关的人民法院。原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人;对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。根据有关司法解释规定，最高人民法院在必要时，可以指定有管辖权的下级人民法院将案件移送其他人民法院管辖。
根据我国《民事诉讼法》的相关规定，指定管辖的案子不需要重新立案，而是重新计算审理期限。刑事诉讼法实践中对于管辖有异议后指定管辖的案件，一般有两种处理方法：一是在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉;二是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市某基层法院管辖，并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。
1、由上级人民法院以指定的方式确定管辖不明的案件的管辖权管辖不明的情况，诸如刑事案件发生在两个人民法院管辖范围的交界处，而两个人民法院管辖的范围的行政区划没有确切的界限，犯罪地不能确定，这样形成互争管辖或互相推诿现象。在这种情况下，应当由争议各方在审限内协商解决；协调不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上级人民法院指定管辖。
2、由上级人民法院以指定的方式改变管辖权实践中有时会出现有管辖权的人民法院不宜行使审判权的情况，包括本院院长需要回避的案件，因案件在该人民法院审判受到严重干扰而不能很好地行使审判权等情形。在这种情况下，应当由上级人民法院指定管辖。最高人民法院《解释》第19条规定：上级人民法院指定管辖的，应当将指定管辖决定书分别送达被指定的人民法院和其他有关的人民法院。原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人；对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。行政法上的指定管辖是指上级行政机关以决定的方式指定下一级行政机关对某一行政处罚行使管辖权。指定管辖实际上也是赋予行政机关在处罚管辖上一定的自由裁量权，以适应各种错综复杂的处罚情况。
指定管辖的适用条件为：
1、管辖权不明：根据现行法律规定，不能确定明确的管辖法院，即“无人应管”的情形；
2、有争议且协商不成：依法几个机关同时均可以管，经过协商仍然没能确定管辖机关的情形；
3、不方便管：因为客观或者紧急情况，有管辖权的法院不宜行使管辖权，由上级人民法院以指定的方式确定案件的管辖。
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