根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)规定，以下简称《通知》，对房地产开发企业符合以下条件，主管税务机关可要求进行土地增值税清算：
(一)已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
(二)取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的；
(三)纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；
(四)税务机关规定的其他情况。
以上4类可清算情形，通常是针对未实现全部销售的房地产开发项目。当已售项目清算结束后，尾盘实现销售时，销售收入会因受到市场波动等因素影响，导致已销售部分的增值额与再销售部分的增值额产生差异，从而影响纳税人的实际税负，最终容易形成房地产企业土地增值税后续管理的涉税风险。因此针对已售房屋土地增值税清算后，对尾盘销售中易产生的土地增值税涉税风险，进行了分析，并提出了相应的管理建议。
1、按照《土地增值税暂行条例实施细则》（财法字〔1995〕6号）第十六条规定，“纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。”
2、预征是按预售收入乘以预征率计算，预征率由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况核定。按照目前房地产税收政策，开发商需缴营业税、土地增值税等。
3、土地增值税简单理解就是开发一个项目获得的利润部分，这部分利润将按一定比例缴税。
第一，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定：“计算增值额的扣除项目”：
（一）取得土地使用权所支付的金额;
（二）开发土地的成本、费用;
（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格;
（四）与转让房地产有关的税金;
（五）财政部规定的其他扣除项目。”
第二，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定：“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。
基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
（三）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的5%以内计算扣除。
凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。
上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
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