（1）调查取证
如果是国有土地上的违法建筑是有城镇规划区的县（区）规划部门进行调查取证，如果是集体土地上的违法建筑则由乡镇政府进行调查取证。调查取证的过程包括调查违建当事人的基本情况，包括家庭状况、职业、年龄等；现场勘查记录违建房屋的现状，包括区位、房屋面积，结构以及修建时间等；调取城市、镇建设总体规划确定规划区，并到房管部门查询该房屋的登记材料。这个过程中，房屋的所有人是需要参与其中的，如果没有这个过程也是不合法的。
（2）对违章建筑的认定
规划部门调查完成后，根据相关法律法规作出该房屋是否为违章建筑的认定，并报相关部门审查，比如乡镇政府的要报县级政府审查。
（3）作出责令限期拆除的决定
依据《城市规划法》第六十四条作出责令限期拆除决定的，规划部门需要事先告知房屋所有人相关的事实、依据以及所享有的权利。
违法建筑是指违反法律、法规在城市规划区内，没有取得建设工程规划许可证或者违反工程规划许可证的规定建设的建筑，或者是采取欺骗手段骗取批准而新建、扩建或改建的建筑。违法建筑一般包括以下几种情形：没有申请或者申请未获得批准，没有取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑;虽然取得建设工程规划许可证，但未按照批准的范围、使用性质建成的建筑;擅自将临时建筑建设为永久性的建筑。
认定违法建筑的前提是，具备认定主体资格。能够认定违建的，主要有以下四个部门：
1、县级以上城乡规划主管部门。
2、城市管理综合行政执法部门。
3、乡、镇人民政府。
4、自然资源部门。
征收部门对违法建筑进行认定，首先要调查违建房屋所有人的基本情况，必须有影像资料以及与违建房屋所有人的谈话询问笔录。
规划部门调查取证工作完成后，根据《城乡规划法》、《行政处罚法》等法律、法规，对涉案房屋作出是否属于违法建筑的认定。即使被房屋被认定为违法建筑，被征收人依然享有合法的权益：1.陈述、申辩权。2.听证权。
政府对违法建筑调查取证后，不违反城乡规划但没有办理规划建设审批的建筑，可以要求限期改正及罚款，补办相关行政许可手续；严重影响城乡规划的建筑，作出《责令限期拆除违法建筑决定书》，行政相对人逾期未自行拆除违法建筑的，组织实施拆除行为。
如果房屋被认定为违法建筑的当事人不积极行使陈述权、申辩权等权利，就还剩下最后两种救济途径，即依法向上级主管部门申请行政复议或依法向人民法院提起行政诉讼。
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