1、营业税：由转让方缴纳。如果已经完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，尚未转入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中的“转让土地使用权”，依5%缴纳营业税。如果已经转入建筑物施工阶段，按“销售不动产”税目依5%缴纳营业税（同时缴纳城建税、教育费附加、防洪费和地方教育附加）。
2、企业所得税：在建工程出售视同企业财产销售，应一并计算缴纳企业所得税。
3、印花税：签订合同双方各按合同所载金额的万分之五缴纳印花税。
综合现行有关法律法规的规定，通过资产转让方式转让在建工程，应履行以下程序：
1、对双方已确定的各项转让内容进行逐一清点、核查，或由专业评估机构对目标资产进行评估后确定转让价格，并在此基础上签订书面转让合同；
2、在相应行政机关办理相关过户登记。因项目公司主要资产转让减少注册资本的，还须通知债权人并在报纸上公告，项目公司在履行完毕相应债权债务关系后办理相应的注销手续；
3、转受让双方应当自土地使用权变更登记手续办理完毕之日起30日内，持房地产开发项目转让合同到房地产开发主管部门备案手续；
4、在建工程相关建设用地规划许可证、建设工程施工许可证等部分或全部建设手续的更名审批程序；
5、已签订的设计、施工、监理、银行抵押贷款、商品房预售等在建工程相关合同、协议的权利义务移转程序等。
通过股权转让方式转让在建工程的，只需签订股权转让协议并按规定办理股权转让的工商变更登记手续（外商投资企业还应办理相应股权变更审批手续）即可完成转让。由于对外的土地使用权主体和项目主体并未发生改变，因此无需进行土地使用权或资产转让所必须的相关权属变更登记程序。
综上，通过资产转让方式转让在建工程，涉及的内容相对更多、程序更为复杂，且政府主管部门审批等不可控的因素更大；相比之下，股权转让程序更为简易、快速。
根据《国家税务总局关于印发的通知》（国税函发[1995]110号）在具体计算增值额时，区分以下几种情况进行处理：
1、对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。
2、对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20％以及在转让环节缴纳的税金。
3、对取得土地使用权后进行房地产开发建造的，在计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款和有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和规定的费用、转让房地产有关的税金，并允许加计20%的扣除。由于土地增值税计算业务复杂性，企业需要提交相关详细资料到主管税务机关进行判断。
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