公司设立无效的后果是公司失去法人资格或被撤销。在这里，必须将公司设立无效制度与公司法人资格制度区别开来。公司法人资格否认之对象必须是具有合法有效的独立法人资格之公司，仅因为公司滥用法人资格，致法院“刺破公司面纱”，要求股东直接承担责任。
因此，法人资格否认制度，并未否认公司人格，恰恰相反，它必须以承认公司人格为前提。公司设立无效制度则不同，由申请人提起申请后，公司被判成立无效，则公司视为自始无法人资格。设立撤销前，如公司瑕疵仍可补正，则责令设立人限期补正，若已补正，公司设立符合了法定条件，则公司设立有效，否则，宣布撤销公司设立。
公司设立无效是指已经在公司登记机关办理设立登记手续、领取企业法人营业执照的公司被人民法院确认自始不具备独立法人资格，任何以公司名义所发生的债权债务均由其发起人承担。
1、第三人请求公司登记机关依法确认公司设立的有效性，公司登记机关拒绝确认、不予答复或者对公司登记机关的确认不服的，可由第三人以公司登记机关为被告提起行政诉讼。该诉讼可以在法定期限内，经行政复议后提起，也可以依法直接向人民法院提起。对这种情况，可由人民法院经审理后裁定，责令公司登记机关依法出确认决定，或者对公司登记机关的确认决定依法作出维持、撤销、重新作出确认决定的裁决。
2、第三人认为公司违法设立是因登记机关自身的违法行政行为造成的，第三人可以依法直接以公司登记机关为被告，向人民法院提起行政诉讼。人民法院经审理，认为公司设立在条件或程序方面存在违法行为，且导致公司设立无效的，可依法撤销公司登记机关的公司设立登记行为。同时责令公司登记机关限期撤销公司登记，宣告公司设立无效，收缴营业执照，该公司法人资格和经营资格自公司登记机关撤销公司登记之日起无效。对公司设立登记存在一般瑕疵的，由人民法院责令公司登记机关弥补登记缺陷，重新审核登记，公司法人资格继续有效。
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