农村征地补偿费协议一般情况下征地补偿费协议需要三份。在征地补偿费协议中，征地方一般是市县级土地主管部门，被征收方是集体经济组织的村委会或者土地承包种有农作物的农户，所以协议的当事人就有两方，然后还需要提交给相关市县政府保存一份协议，所以通常情况下，征地补偿费协议需要三份。
国家建设依法征用集体土地时付给被征地者补偿所丧失的土地权利的费用。其计算方法是：
1、征用耕地的补偿费为该耕地被征用前三年平均年产值的6—10倍；征用其他土地的补偿费标准由省、自治区、直辖市参照征用耕地的补偿费标准，结合当地实际情况具体规定。属于有收益的非耕地的土地补偿费，可按该土地征用前三年平均年产值的3—6倍计算，征用无收益的耕地不予补偿。征用柴山、滩涂、水塘、苇塘、经济林地、草场、牧场等有收益的非耕地的土地补偿标准为该土地被征用前三年平均年产值的6—10倍。
2、征用人工鱼塘、养殖场、宅基地、果园及其它多年生经济作物的土地，按邻近耕地补偿标准计算。
3、被征用土地的青苗补偿费标准，由省、自治区、直辖市规定。
4、被征用土地上的附着物，由省、自治区、直辖市自行制定。参照建筑造价折多少，补偿多少。
5、征用城市郊区的菜地，用地单位应按国家有关规定缴纳新菜地开发建设基金。标准为：百万人口的城市，每征用一亩菜地，缴纳7000-10000元；50万以上不足百万人口的城市每征用一亩地，缴纳5000-7000元；
根据《中华人民共和国土地管理法》第四十七条的规定，征用耕地的补偿费包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费；征用城市郊区的菜地，用地单位应当按照国家有关规定缴纳新菜地开发建设基金。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十六条的规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有；需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。
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