股权转让纠纷以谁为被告，是分几种情况的。
（一）股权转让双方之间的纠纷
涉及到转让双方之间的股权转让合同纠纷，如请求履行转让合同，请求支付股权转让款并赔偿损失或支付违约金，或者请求解除转让合同，请求认定转让合同无效等等。这类纠纷主要适用合同法的有关规定进行处理，应列合同的相对人为被告，涉及到公司利益的，应列公司为第三人。
（二）涉及其他股东优先购买权的诉讼纠纷
这类纠纷需要结合公司法与合同法相关规定进行处理，应列出让股权的股东为被告，公司为第三人，涉及其他的股东利益，一并追加为第三人。
（三）股权善意取得引发的纠纷案件
此类纠纷多产生于其他股东对于股权转让存在异议，一般是其他股东作为原告，而善意取得第三人与公司为被告。
（四）股权转让纠纷中涉及公司决议的纠纷案件
股权转让纠纷中涉及公司决议无效或撤销，当事人起诉请求确认股东会或者股东大会、董事会决议无效或者请求撤销上述决议的，应当列公司为被告，对决议涉及的相对利害关系人，可以列为共同被告或者第三人。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。 股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。 经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。 公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
按照我国《民事诉讼法》及最高院司法解释的规定，合同纠纷，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。同时，法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。
在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成（如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效），因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。
股权转让纠纷是指股权在转让的过程中所发生的纠纷的总称，包括股东之间转让股权的纠纷，以及股东与非股东之间转让股权的纠纷。
股权转让协议是当事人以转让股权为目的而达成的关于出让方交付股权并收取价金，受让方支付价金得到股权的意思表示。股权转让是一种物权变动行为，股权转让后，股东基于股东地位而对公司所发生的权利义务关系全部同时移转于受让人，受让人因此成为公司的股东，取得股东权。
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