1、第一种意见，认为法院以房屋拆迁合同纠纷(民事案件)立案是正确的。理由是，原告的起诉符合《民诉法》第108条规定之条件，有明确的被告，且有具体的诉讼请求，属法院民事案件立案的范围；
2、第二种意见，认为本案应以行政案件立案为宜。理由如下：房屋拆迁合同是指拆迁人与被拆迁人就房屋拆迁条例规定的补偿、安置等问题签订的书面协议。房屋拆迁是指因国家建设、城市改造、整顿市容和环境保护等需要，由建设单位或者个人对现存建设用地上的房屋进行拆除，对房屋所有者或使用者进行迁移安置并根据具体情况给予一定补偿的活动。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条，作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿；市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
１、对于作价补偿，应按照所拆迁房屋建筑面积的安置价格结合成新结算补偿的金额，在补偿时也应充分考虑地段的差异；
２、对于不同使用性质的房屋应有不同的补偿标准，这里主要是指住宅用房和营业性用户。笔者认为应按拆迁房屋实际使用的性质来认定。对于拆迁非住宅房屋造成停产、停业的，拆迁人应当给予适当补偿。
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