五险一金不一定是从底薪里扣除，其个人缴纳部分是从工资里扣除的。通常情况下，员工的工资的组成包括底薪、提成、绩效工资等，而且这些工资一般是一起发放。
工资越高则社保缴费基数越高，工资越低则社保缴费基数越低。月工资超过上限的以上限为缴费基数，月工资低于下限的以下限为缴费基数。
很多创业企业，为了节约成本，少缴、甚至不为员工缴纳五险一金，这会面临一些风险：
根据《社会保险法》以及《住房公积金管理条例》，企业不按时足额为员工缴纳社保的，将被加收万分之五的滞纳金，甚至是处以欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款；逾期不缴纳公积金的，将被处以１万元以上５万元以下的罚款。
现实中，如果员工因为企业没有为其正常缴纳社保公积金而提起仲裁、诉讼，那败方基本是企业。
（１）社保、公积金开户
企业需要在成立之日起三十日内去社保局及公积金中心办理社保、公积金开户。社保开户后会拿到《社保登记证》，公积金开户后会取得单位公积金登记号。
（２）增减员
单位每月都必须把企业新增的员工添加进单位的五险一金账户中，并把已经离职的员工从账户中删除。社保、公积金账户为两个独立的账户，增减员工的操作在两个账户中都必须进行。
（３）确认缴费基数
单位每月需要为员工申报正确的五险一金缴费基数，以确保五险一金的正常缴纳。五险一金的缴费基数以员工上年度平均工资或入职首月工资为准。
（４）五险一金缴费
如果企业、银行、社保／公积金管理机构三方签订了银行代缴协议，则五险一金费用将在每月固定时间从企业银行账户中直接扣除。当然企业也可以选择通过现金或者支票的形式前往五险一金管理机构现场缴费。
以上就是找法网小编为大家整理的关于五险一金从底薪扣吗的相关法律知识了。综上可知，对于五险一金，一般是有部分由用人单位全部承担，有部分是共同承担的。如果您还有其他疑问，欢迎咨询找法网，我们会有专业的律师为您解答。
