农村征地补偿款纠纷应该以土地承包经营权纠纷或是农村土地承包合同纠纷为案由立案。具体有：
１、土地承包经营权纠纷，在其项下又分为土地承包经营权确认纠纷和承包地征收补偿费用分配纠纷四级案由，前述８种类型的矛盾纠纷的前７种即确定为此类案由。土地承包经营权是指土地承包经营权人为从事种植业、林业、畜牧业，对其承包的集体所有或者国家所有由农民集体使用的耕地、林地、荒地以及其他用于农业的土地所享有的占有、使用、收益的权利。
（１）土地承包经营权确认纠纷是指就土地承包经营权是否成立及其归属和内容的发生的纠纷；
（２）承包地征收补偿费用分配纠纷是指承包经营的土地被国家依法定程序征收后，国家按照法律规定给予失地者的补偿费用，包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费并由此而发生的纠纷。
２、农村土地承包合同纠纷，在其项下又分为土地承包经营权转包合同纠纷、土地承包经营权转让合同纠纷、土地承包经营权互换合同纠纷等５种四级案由。前述８种类型的矛盾纠纷的第８种即确定为此类案由。农村土地承包合同是指以农村集体经济组织成员家庭承包或者不宜采取家庭承包方式的荒山、荒丘等农村土地以招标、拍卖、公开协商等方式承包农民集体所有和国家所有依法由农民集体使用的耕地、林地等以及其他依法用于农业的土地的合同。
（１）土地承包经营权转包合同是指承包人将通过家庭承包方式取得的土地承包经营权转给其他人承包而签订的合同。
（２）土地承包经营权转让合同是指农村土地承包人依法将农村土地承包经营权转让给他人经营而签订的合同。
（３）土地承包经营权互换合同是指农村土地承包人将通过家庭承包方式取得的农村土地承包经营权与他人互换而签订的合同。
征地补偿纠纷属于三级案由。按照最高法《民事案件案由规定理解与适用》的规定，一级案由为物权纠纷和债权纠纷；二级案由相对应确定为用益物权组织和合同纠纷；三级案由相对应确定为土地承包经营权纠纷和农村土地承包合同纠纷。
法律处理方式主要有行政诉讼、行政复议、行政复议裁决、民事诉讼、征地补偿协调、裁决等方式，根据个案的不同特点应当启动不同的法律程序。
１、征地纠纷行政复议
行政复议：是指公民、法人或者其他组织不服行政主体作出的具体行政行为，认为行政主体的具体行政行为侵犯了其合法权益，依法向法定的行政复议机关提出复议申请，行政复议机关依法对该具体行政行为进行合法性、适当性审查，并作出行政复议决定的行政行为。是公民，法人或其他组织通过行政救济途径解决行政争议的一种方法。
行政复议的最大特点是可以跳出某个区域，如对某省国土资源厅的行为不服则可以向国土资源部申请复议，如果在承办案件过程中担心某地方存在地方保护，则应该选择这样的救济途径。
２、征地纠纷行政诉讼
行政诉讼是指公民法人对具体行政行为不服而向人民法院起诉，有人民法院进行审理并作出判决、裁定的司法程序。即通常我们所说的“民告官”，这是解决行政争议的重要制度。
３、征地纠纷中的民事诉讼。
在征地纠纷中，大多数进行的诉讼属于行政诉讼，民事诉讼时为数不多的，但是并不是所有的程序都要走行政诉讼，有时候也可以走民事诉讼的程序，如对于非法占地的行为，从民事角度考虑我们可以起诉民事侵权，要求停止侵害、赔偿损失、恢复原状。对于已经签订征地补偿协议，如果该协议签订过程中存在胁迫等手段，则从民事诉讼的角度起诉撤销该协议。总而言之办案子要开动脑筋不能死盯住行政诉讼，如果民事诉讼对我们更有利的话，则就应该设法走民事诉讼的程序。在征地纠纷中常发生的民事纠纷有：征地补偿协议纠纷；土地侵权纠纷；土地承包经营纠纷。
４、征地补偿协调裁决。
征地补偿裁决也可以称之为征地补偿协调与裁决，是指对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决，这是国家为减少、解决征地纠纷而推行的制度。机制可以分为两个部分，一是协调，而是裁决，协调是裁决的前置，未经协调的不能进入裁决。
如果在申请协调中遇到两级政府相互推诿的情况下，则应当在协调期满之日向征地批准机关申请裁决，若省内尚无协调裁决办法或协调裁决办法没有规定多长时间协调的，建议在６０日后申请裁决。
５、征地纠纷听证制度。
征地纠纷听证制度是指在土地征收纠纷中拟作出行政处罚、行政许可决定，制定规章和规范性文件时，主管部门组织听证，应当遵循公开、公平、公正和便民的原则，充分听取公民、法人和其他组织的意见，保证其陈述意见、质证和申辩的权利的制度。它可以分为两类，一类是主管部门依职权组织的听证，一种是申请人申请才组织的听证。
依职权组织的听证有：拟定或者修改基准地价；编制或者修改土地利用总体规划和矿产资源规划；拟定或者修改区域性征地补偿标准；制定规章和规范性文件；主管部门规定的其他情形。
需要申请人申请才组织的听证有：拟定拟征地项目的补偿标准和安置方案的；拟定非农业建设占用基本农田方案的。较大数额罚款、责令停止违法勘查或者违法开采行为、吊销勘查许可证或者采矿许可证等行政处罚的；国有土地使用权、探矿权、采矿权的许可直接涉及申请人与他人之间重大利益关系的；法律、法规或者规章规定的其他情形。
听证是失地农民参与征地审查报批、发表自己意见、了解案情的重要途径，当事人应该重视这项权利，积极地参加，有些地方在征地时并没有告知失地农民申请听证的权利，还有一些地方将申请听证的权利告知了村委会，而村委会未告知村民径行做出了不申请听证的决定，这样做侵犯了失地农民申请听证的权利。
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